Dear Gromacs users:<br><br>I am trying cylinder pulling as an option of umbrella sampling using gromacs 4.0.7. Things seem to work but I noticed that in the output file pullx.xvg, the referece group&#39;s postion is always 0. I don&#39;t think it is right. When I use position pulling, the reference position is never 0. <br>
<br>Thanks for you help.<br>Kun<br><br>Below is my .mdp file <br>pull                    = umbrella<br>pull_geometry           = cylinder<br>pull_r1                 = 1.0<br>Pull_r0                 = 1.0<br>pull_dim                = N N Y<br>
pull_start              = yes<br>pull_init1              = 0.0<br>pull_ngroups            = 1<br>pull_group0             = group0<br>pull_group1             = group1<br>pull_rate1              = 0.01      <br>pull_vec1               = 0.0 0.0 -1.0<br>
pull_k1                 = 3000      ; kJ mol^-1 nm^-2<br>pull_nstxout            = 1000<br>pull_nstfout            = 1000<br><br>Here is the output:<br><br>@    title &quot;Pull COM&quot;<br>@    xaxis  label &quot;Time (ps)&quot;<br>
@    yaxis  label &quot;Position (nm)&quot;<br>@TYPE xy<br>@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>@ legend on<br>@ legend box on<br>@ legend loctype view<br>@ legend 0.78, 0.8<br>@ legend length 2<br>@ s0 legend &quot;0 Z&quot;<br>
@ s1 legend &quot;1 dZ&quot;<br>0.0000  0   5.69818<br>2.0000  0   5.67685<br>4.0000  0   5.68564<br>6.0000  0   5.65461<br>8.0000  0   5.63482<br>10.0000 0   5.61658<br>12.0000 0   5.61679<br>14.0000 0   5.54434<br>16.0000 0   5.55352<br>
18.0000 0   5.4964<br><br><br>