<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 4/18/2011 1:43 PM, Sikandar Mashayak wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTik5WPpOs31SMGrmd=YXGWwkeENXgA@mail.gmail.com"
      type="cite">Also, what about non-bonded interactions within the
      protein? Does exclusion group only exclude the non-bonded
      interactions between two different molecules and non-bonded
      interactions within the single molecule atoms are still computed?<br>
    </blockquote>
    <br>
    The sets of atoms for energy groups and such exclusions are defined
    by the index groups, not molecules. See manual 7.3 and wherever it
    talks about groups in an early chapter.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTik5WPpOs31SMGrmd=YXGWwkeENXgA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">On Sun, Apr 17, 2011 at 10:38 PM,
        Sikandar Mashayak <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:symashayak@gmail.com">symashayak@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;"> Hi
          <div><br>
          </div>
          <div>When we define energy group exclusions e.g. like in
            manual&nbsp;<span style="font-size: 12px; font-family:
              Helvetica;">energygrp excl = Protein Protein SOL SOL&nbsp;</span></div>
          <div><font face="Helvetica">and do md rerun, then only
              non-bonded interactions between Protein and SOL are
              computed. I am wondering what happens to bonded
              interactions within the protein, do they contribute to
              energies even though we have excluded protein-protein
              interactions?</font></div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Bonded interactions are unaffected, as you will see if you try it.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
  
</body>
</html>