Dear Justin,<br><br>Now, I added two PO4 to the coordinate file, then added two to the topology. I created PO4_1.gro and PO4_1.itp for first PO4 using PRODRG. Then, I created PO4_2.gro and PO4_2.itp for first PO4 using PRODRG. I added 10 atoms/lines into conf.gro from PO4.gro(5cordinate and PO4_2.gro files (5 coordinate), then 10 the second line of conf.gro. I used only one because of the same as PO4_1.itp and PO4_2.itp files.<br>
<br><b><u>First PO4 from 3HTB:</u></b><br>HETATM 1366  P   PO4 A 165      15.430 -26.507  12.040  0.70 13.01           P  <br>HETATM 1367  O1  PO4 A 165      16.899 -26.359  11.761  0.70  8.42           O  <br>HETATM 1368  O2  PO4 A 165      14.565 -25.571  11.281  0.70 12.47           O  <br>
HETATM 1369  O3  PO4 A 165      15.071 -28.010  11.811  0.70 11.58           O  <br>HETATM 1370  O4  PO4 A 165      15.042 -26.318  13.543  0.70 11.36           O  <br><br>
<b><u>second PO4 from 3HTB:</u></b><br>HETATM 1371  P   PO4 A 166      21.741   0.620 -18.648  0.50 20.49           P  <br>HETATM 1372  O1  PO4 A 166      23.073  -0.065 -18.917  0.50 18.04           O  <br>HETATM 1373  O2  PO4 A 166      21.958   2.010 -19.153  0.50 19.25           O  <br>
HETATM 1374  O3  PO4 A 166      20.616  -0.014 -19.484  0.50 14.22           O  <br>HETATM 1375  O4  PO4 A 166      21.425   0.662 -17.127  0.50 15.77           O  <br><br>editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o box.gro<br>

genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated.gro<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br><b>WARNING 1</b> [file topol.top, line 10673]:<br>  670 non-matching atom names<br>  atom names from topol.top will be used<br>
  atom names from solvated.gro will be ignored<br><b>WARNING 2</b> [file em.mdp]:<br>  The sum of the two largest charge group radii (7.005889) is larger than<br>  rlist (1.000000<br><b>NOTE 1</b> [file topol.top, line 10673]:<br>
  System has non-zero total charge: 2.000001e+00<br><b>Fatal error:</b><br>Too many warnings (2), grompp terminated.<br>If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.<br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">
18 Nisan 2011 23:26 tarihinde Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> yazdı:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">
<br></div>
You said you added one PO4 to the coordinate file, but then added two to the topology.  Hence the difference of exactly 5 atoms, or one PO4 molecule.<br>
<br>
The content of the coordinate file must always match the content of the topology, with respect to the number of atoms (based on the listing of molecules) and the order in which they appear in the [molecules] directive.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
2011/4/18 lucioric &lt;<a href="mailto:lucioric@ibt.unam.mx" target="_blank">lucioric@ibt.unam.mx</a> &lt;mailto:<a href="mailto:lucioric@ibt.unam.mx" target="_blank">lucioric@ibt.unam.mx</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
    You need to get or calculate parameters for phosphate. These<br>
    parameters are yet calculated for the AMBER forcefield, there are in<br>
    <a href="http://personalpages.manchester.ac.uk/staff/Richard.Bryce/amber/cof/frcmod.phos" target="_blank">http://personalpages.manchester.ac.uk/staff/Richard.Bryce/amber/cof/frcmod.phos</a>.<br>
    You need to install AmberTools and copy the frcmod.phos file in the<br>
    URL above to the appropriate directory (see the AmberTools manual).<br>
    Then, you can build the topology and coordinate files in AMBER<br>
    format for your system using the tleap tool. These files in AMBER<br>
    format can be converted to Gromacs format using the acpype program.<br>
    With these files in Gromacs format you can run a MD in Gromacs,<br>
    using the Amber forcefield.<br>
    Lucio Montero<br>
    Instituto de Biotecnologia, UNAM, Mexico.<br>
<br>
    On Mon, 18 Apr 2011 20:40:49 +0300, ahmet yıldırım<br></div><div class="im">
    &lt;<a href="mailto:ahmedo047@gmail.com" target="_blank">ahmedo047@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:ahmedo047@gmail.com" target="_blank">ahmedo047@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
        Dear Justin,<br>
<br>
        You prepared a useful tutorial. if you used PO4 ligand (which has 2<br>
        molecule) instead of 1JZ4 ligand from 3HTB.pdb, Then, in the<br>
        .itp and<br>
        .gro files of ligand because of 2 molecule, what change?<br>
        Can you give some hint?<br>
         Thanks<br>
<br>
        3HTB.pdb<br>
        ....<br>
<br>
        TER 1365 ASN A 163<br>
        HETATM 1366 P PO4 A 165 15.430 -26.507 12.040 0.70 13.01 P<br>
        HETATM 1367 O1 PO4 A 165 16.899 -26.359 11.761 0.70 8.42 O<br>
        HETATM 1368 O2 PO4 A 165 14.565 -25.571 11.281 0.70 12.47 O<br>
<br>
        HETATM 1369 O3 PO4 A 165 15.071 -28.010 11.811 0.70 11.58 O<br>
        HETATM 1370 O4 PO4 A 165 15.042 -26.318 13.543 0.70 11.36 O<br>
        HETATM 1371 P PO4 A 166 21.741 0.620 -18.648 0.50 20.49 P<br>
        HETATM 1372 O1 PO4 A 166 23.073 -0.065 -18.917 0.50 18.04 O<br>
<br>
        HETATM 1373 O2 PO4 A 166 21.958 2.010 -19.153 0.50 19.25 O<br>
        HETATM 1374 O3 PO4 A 166 20.616 -0.014 -19.484 0.50 14.22 O<br>
        HETATM 1375 O4 PO4 A 166 21.425 0.662 -17.127 0.50 15.77 O<br>
        HETATM 1376 C4 JZ4 A 167 24.294 -24.124 -0.071 1.00 16.39 C<br>
<br>
        ..<br>
<br>
<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Ahmet YILDIRIM<br>
<br>
</div></blockquote><div class="im">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br></div><div><div></div><div class="h5">
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>