Hello <span><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" title="muestra como aumentando gradualmente 1 grado se afecta la estructura">Miguel Quiliano, </span></span> <br><br>I have been working with Protein Structure Prediction. But, my research is computation area which means to develop an algorithm to try study it.<br>
<br>Maybe the paper below helps you.<br><br>Reproducible Polypeptide Folding and Structure Prediction using Molecular Dynamics Simulations<br>M. Marvin Seibert, Alexandra Patriksson, Berk Hess and David van der Spoel<br>doi:10.1016/j.jmb.2005.09.030<br>
<br>You can find more details about mdp file in <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Beginners">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Beginners</a><br><br>I hope these information help you.<br><br clear="all">
--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>Intelligent System in Structure Bioinformatics<br>
<a href="http://laips.sel.eesc.usp.br" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 19, 2011 at 12:53 PM, Miguel Quiliano Meza <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rifaximina@gmail.com">rifaximina@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Community.<br><br>I am a beginner user of Gromacs for this reason I would like to consult my case.<br><br>Nowadays, I am studying a protein which folding process has experimental data (especially for a mutant). Structural information about how a mutant destabilizes secondary structure was recently published. The work <span><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" title="muestra como aumentando gradualmente 1 grado se afecta la estructura">shown  how gradually increasing 1  C degree the structure is affected (from 18 to 20 C).<br>


<br>I would like to study the process in silico, but I don´t know what parameters put in the &quot;.mdp&quot; file.<br><br>Please their advices or help would be appreciated.<br><br>Best Regards.<br><br>Miguel Quiliano <br>


</span></span>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>