
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#000000;"><div>Dear All,<br><br>In an attempt to create CNT topology with g_x2top and amber99, I was getting this error: no or incorrect atomname2type.n2t file found. So I tried to create a atomname2type.n2t file for CNT in Amber99. My coordinate file is of this form: <br>UNNAMED<br>&nbsp; 400<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TUB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.392&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000<br>&nbsp;<br>so I opened oplsaa's .n2t file, and replaced all the entries with these three lines:<br>CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; C 0.142&nbsp;&nbsp; C 0.142&nbsp;&nbsp; C 0.142<br>CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; C 0.142&nbsp;&nbsp; C 0.142<br>CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; C 0.142&nbsp;&nbsp; <br><br>C, CA, CB are all listed in atomtypes.atp file in Amber as:<br>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C carbonyl group <br>CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C pure aromatic (benzene)<br>CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 aromatic C, 5&amp;6 membered ring junction<br><br><br>But when I run the g_x2top, I still get the same error. <br><br>Any help is much appreciated.<br><br>Thanks,<br>Majid<br></div>

</div></body></html>