
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 4/19/2011 6:18 PM, Sajad Ahrari wrote:

    <blockquote cite="mid:202758.32751.qm@web31703.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>

      <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size:

        12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

        <div>dear users<br>

          in order to simulate a Kinase protein attached with two

          ligands (MG and ATP in particular), i am trying to use amber03

          force field with xleap in amber10 (based on some relevant

          litratures). in fact i am going through a tutorial introduced

          by Justin Lemkul, entitled "protein ligand complex", to learn

          how to do the simulation. but i dont know how to deal with

          xleap. is it some thing like "PRODGR", mentioned in the

          tutorial to deal with the ligand?<br>

          all the best!<br>

          sajad<br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    The LeAP family of tools belongs to the AmberTools package, not

    GROMACS. Please seek help and documentation there, not here.<br>

    <br>

    Mark<br>

  

</body>

</html>