<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div>Actually, I just restarted my computer, and now it worked. When I create the topology file using the same procedure, I get a cnt.top file with atoms C, and CB, which correspond to carbons with two and three bonds.</div><div><br></div><div>Thanks for your help,</div><div>Majid</div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tue, April 19, 2011 11:47:44 AM<br><b><span style="font-weight:
 bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] atomname2type.n2t file for CNT in amber99<br></font><br>
<br><br>majid hasan wrote:<br>&gt; Just a little addition to my previous reply: if I run the same procedure with oplsaa, it works. Now in Oplsaa, I added following two lines in already existing .n2t lines,<br>&gt;&nbsp; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; opls_239&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.011&nbsp; 3&nbsp; &nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142<br>&gt;&nbsp; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; opls_239&nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.011&nbsp; 2&nbsp; &nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142<br>&gt;&nbsp; But oplsaa also has a bunch of other atoms named opls... , but I guess these don't matter because nanotube only has Carbon bonded with 1,2, or 3, atoms, so I only added three lines for these carbons in amber99.n2t<br>&gt; <br><br>You don't need to account for every possible atom, just what your system deals with.&nbsp; Ideally, the .n2t file would be setup such that any molecule would have its topology properly generated, but that is a rather complex (and
 perhaps unattainable) task.<br><br>If you send me your coordinate file and Amber99 .n2t file (off-list) I will try to debug what's going on.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Thanks,<br>&gt; Majid<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; *Sent:* Tue, April 19, 2011 10:40:53 AM<br>&gt; *Subject:* Re: [gmx-users] atomname2type.n2t file for CNT in amber99<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; majid hasan wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; Dear All,<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; In an attempt to create CNT topology with g_x2top and amber99, I was getting this error: no or incorrect atomname2type.n2t file found. So I tried
 to create a atomname2type.n2t file for CNT in Amber99. My coordinate file is of this form:<br>&gt;&nbsp; &gt; UNNAMED<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; 400<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &nbsp; 1TUB&nbsp; &nbsp; CA&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; 0.392&nbsp; 0.000&nbsp; 0.000<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; so I opened oplsaa's .n2t file, and replaced all the entries with these three lines:<br>&gt;&nbsp; &gt; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.011&nbsp; 3&nbsp; &nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142<br>&gt;&nbsp; &gt; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.011&nbsp; 2&nbsp; &nbsp; C 0.142&nbsp; C 0.142<br>&gt;&nbsp; &gt; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CB&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.011&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; C 0.142&nbsp; &gt; C, CA, CB are all listed in atomtypes.atp file in Amber as:<br>&gt;&nbsp; &gt; C&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.01000&nbsp; &nbsp; ; sp2 C carbonyl
 group<br>&gt;&nbsp; &gt; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.01000&nbsp; &nbsp; ; sp2 C pure aromatic (benzene)<br>&gt;&nbsp; &gt; CB&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.01000&nbsp; &nbsp; ; sp2 aromatic C, 5&amp;6 membered ring junction<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; But when I run the g_x2top, I still get the same error.<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt; And where is this .n2t file located?&nbsp; It needs to be in the amber99.ff directory to actually work, and you need to provide this force field's name in your g_x2top command, which unfortunately you have not posted.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &gt; Any help is much appreciated.<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Thanks,<br>&gt;&nbsp; &gt; Majid<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral
 Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]<a target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a><span> &lt;<a target="_blank" href="http://vt.edu">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080</span><br><span>&gt; <a target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><span>&gt; <a target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>&gt; Please search the
 archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br><span>&gt; Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a
 href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></div><div style="position:fixed"></div>


</div></body></html>