<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt;color:#000000;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Dear All,</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">I am doing a MD simulation of dna, and cnt in water. I get a stable simulation in which DNA, and CNT wiggles around there positions, but they don't seem to be attracted towards each other. CNT starts in the middle of the box and just moves a little, and DNA starts at top right corner of the box and remains there throughout the simulation.</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times,
 serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">movie of .trr file is here:</div><div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new york', times, serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new york', times, serif"><span><a target="_blank" href="http://phas.ubc.ca/~majid/Project/cntdna.mpg">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/cntdna.mpg</a></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new york', times, serif"><br></font></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">My .mdp files are placed here (both .mdp files are same except for the value of integrator):</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><a
 href="http://phas.ubc.ca/~majid/Project/lbfgs.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/lbfgs.mdp</a>&nbsp;&nbsp;(used for EM)</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><a href="http://phas.ubc.ca/~majid/Project/md.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/md.mdp</a>&nbsp;&nbsp; &nbsp; (used for MD)</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">I created cnt, and dna using following commands:</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new
 york', times, serif; font-size: 12pt; ">For dna: pdb2gmx -f dna.pdb -o dna.gro -p dna.top -ff select (Selected amber99sb, and TIP3P water model)</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">For cnt: g_x2top -f cnt.gro -o cnt.top -ff select -pbc &nbsp; (selected amber99sb)</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">For mixing and solvation: genbox -cp cnt.gro -ci dna.gro -o cntdna.gro -nmol 1 -try 20&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">genbox -cp cntdna.gro -cs spc.gro -o cntdnasol.gro&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">In the
 dna.top file, amber99sb/ions.itp, and a position restraint file was also included along with tip3p.itp. I mentioned it because I am not sure why would it add ions and position restraints on adding water?&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">It seems that something is wrong with non-bonded interactions, but I don't understand what?</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Thanks for your help,</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Majid</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family:
 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">&nbsp;&nbsp;</div><div style="position: fixed; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "></div>


</div></body></html>