<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 4/22/2011 6:48 PM, Mark Abraham wrote:
    <blockquote cite="mid:4DB140D6.5080104@anu.edu.au" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
        http-equiv="Content-Type">
      On 4/22/2011 4:54 PM, majid hasan wrote:
      <blockquote cite="mid:28714.94092.qm@web38301.mail.mud.yahoo.com"
        type="cite">
        <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>
        <div style="font-family: 'times new roman','new
          york',times,serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">Dear All,</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">I am doing a MD simulation
            of dna, and cnt in water. I get a stable simulation in which
            DNA, and CNT wiggles around there positions, but they don't
            seem to be attracted towards each other. CNT starts in the
            middle of the box and just moves a little, and DNA starts at
            top right corner of the box and remains there throughout the
            simulation.</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">movie of .trr file is here:</div>
          <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
              'new york', times, serif"><br>
            </font></div>
          <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
              'new york', times, serif"><span><a moz-do-not-send="true"
                  target="_blank"
                  href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/cntdna.mpg">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/cntdna.mpg</a></span></font></div>
          <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
              'new york', times, serif"><br>
            </font></div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">My .mdp files are placed
            here (both .mdp files are same except for the value of
            integrator):</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><a moz-do-not-send="true"
              href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/lbfgs.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/lbfgs.mdp</a>&nbsp;&nbsp;(used

            for EM)</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><a moz-do-not-send="true"
              href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/md.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/md.mdp</a>&nbsp;&nbsp;

            &nbsp; (used for MD)</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">I created cnt, and dna using
            following commands:</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">For dna: pdb2gmx -f dna.pdb
            -o dna.gro -p dna.top -ff select (Selected amber99sb, and
            TIP3P water model)</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">For cnt: g_x2top -f cnt.gro
            -o cnt.top -ff select -pbc &nbsp; (selected amber99sb)</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">For mixing and solvation:
            genbox -cp cnt.gro -ci dna.gro -o cntdna.gro -nmol 1 -try
            20&nbsp;</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">genbox -cp cntdna.gro -cs
            spc.gro -o cntdnasol.gro&nbsp;</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);"><br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">In the dna.top file,
            amber99sb/ions.itp, and a position restraint file was also
            included along with tip3p.itp. I mentioned it because I am
            not sure why would it add ions and position restraints on
            adding water? <br>
          </div>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
      #including molecule .itp files adds nothing to the system - only
      the potential to have molecule type(s). The system is defined in
      the [system] directive, and must match the corresponding
      coordinate file.<br>
      <br>
      <blockquote cite="mid:28714.94092.qm@web38301.mail.mud.yahoo.com"
        type="cite">
        <div style="font-family: 'times new roman','new
          york',times,serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">It seems that something is
            wrong with non-bonded interactions, but I don't understand
            what?</div>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
      Why aren't you following a proper equilibration protocol before
      trying to make observations? You might be using position
      restraints, have your species too far apart, or simply have not
      simulated long enough to observe any movement. 200ps is an
      eye-blink.<br>
    </blockquote>
    <br>
    Actually, you simulated 20ps. Your MD timestep is 0.2fs, which is
    unreasonably short. 100,000 of them is far too short to see anything
    happen.<br>
    <br>
    Mark<br>
  
</body>
</html>