<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 4/22/2011 4:54 PM, majid hasan wrote:
    <blockquote cite="mid:28714.94092.qm@web38301.mail.mud.yahoo.com"
      type="cite">
      <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>
      <div style="font-family: 'times new roman','new york',times,serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">Dear All,</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">I am doing a
          MD simulation of dna, and cnt in water. I get a stable
          simulation in which DNA, and CNT wiggles around there
          positions, but they don't seem to be attracted towards each
          other. CNT starts in the middle of the box and just moves a
          little, and DNA starts at top right corner of the box and
          remains there throughout the simulation.</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">movie of .trr
          file is here:</div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif"><br>
          </font></div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif"><span><a moz-do-not-send="true"
                target="_blank"
                href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/cntdna.mpg">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/cntdna.mpg</a></span></font></div>
        <div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman',
            'new york', times, serif"><br>
          </font></div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">My .mdp files
          are placed here (both .mdp files are same except for the value
          of integrator):</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><a
            moz-do-not-send="true"
            href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/lbfgs.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/lbfgs.mdp</a>&nbsp;&nbsp;(used
          for EM)</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><a
            moz-do-not-send="true"
            href="http://phas.ubc.ca/%7Emajid/Project/md.mdp">http://phas.ubc.ca/~majid/Project/md.mdp</a>&nbsp;&nbsp;
          &nbsp; (used for MD)</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">I created
          cnt, and dna using following commands:</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0);">For dna: pdb2gmx -f dna.pdb -o
          dna.gro -p dna.top -ff select (Selected amber99sb, and TIP3P
          water model)</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">For cnt:
          g_x2top -f cnt.gro -o cnt.top -ff select -pbc &nbsp; (selected
          amber99sb)</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">For mixing
          and solvation: genbox -cp cnt.gro -ci dna.gro -o cntdna.gro
          -nmol 1 -try 20&nbsp;</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">genbox -cp
          cntdna.gro -cs spc.gro -o cntdnasol.gro&nbsp;</div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><br>
        </div>
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">In the
          dna.top file, amber99sb/ions.itp, and a position restraint
          file was also included along with tip3p.itp. I mentioned it
          because I am not sure why would it add ions and position
          restraints on adding water? <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    #including molecule .itp files adds nothing to the system - only the
    potential to have molecule type(s). The system is defined in the
    [system] directive, and must match the corresponding coordinate
    file.<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:28714.94092.qm@web38301.mail.mud.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="font-family: 'times new roman','new york',times,serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'times new
          roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;">It seems that
          something is wrong with non-bonded interactions, but I don't
          understand what?</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Why aren't you following a proper equilibration protocol before
    trying to make observations? You might be using position restraints,
    have your species too far apart, or simply have not simulated long
    enough to observe any movement. 200ps is an eye-blink.<br>
    <br>
    Mark<br>
  
</body>
</html>