Hi all:<br>I put three small molecules in the center of an POPC bilayer 
membrane,and equilibriated this system in NPT ensemble for 10ns with the
 position restriction of small molecules. Then I want to give each of 
those molecules an external force to push them away from the center. the
 force vecters are on the plane of membrane.<br>
   I realize this using the SMD of Gromacs 4.5.3. But system was very unstable:<br>             
 When using pull=umbrella, after 1000~2000steps the small molecules in 
the membrane was shifted along the X-axis or Y-axis very fast, <br>
              When using pull=constraint,after 1000~2000steps the system was exploded, and serval atoms were shot out of system.<br>The mdp file of SMD is below:<br><br>pull_constr_tol          = 1e-6<br>pull_geometry            = direction<br>

pull_start               = yes<br>pull_nstxout             = 50<br>pull_nstfout              = 50<br>pull_ngroups            = 3<br>pull_group0              = ref  ; the whole membrane which is on the plane of xy <br>pull_group1              = phe1   ; one of the small molecule<br>

pull_vec1                = -0.866 -0.5 0   <br>pull_rate1               = 0.001             ; [nm/ps] <br>pull_init1               = <br>pull_k1                  = 1000             ; [kJ.mol-1.nm-2 / [kJ.mol-1.nm-1]]   <br>

pull_group2              = phe2<br>pull_vec2                = 0 1 0                             <div id=":yp">                   <br>pull_rate2               = 0.001             ; [nm/ps]        <br>pull_init2               =                 <br>

pull_k2                  = 1000             ; [kJ.mol-1.nm-2 / [kJ.mol-1.nm-1]] <br>pull_group3              = phe3  <br>pull_vec3                = 0.866 -0.5 0 <br>pull_rate3               = 0.001             ; [nm/ps]<br>

pull_init3               = <br>pull_k3                  = 1000             ; [kJ.mol-1.nm-2 / [kJ.mol-1.nm-1]]<br><br>and the time step:  dt = 0.001  ; 1 fs<br>                     <br>Is there anyone could give me an suggestion for this?<br>

Thank you very much!<br><br><br>Yorquant Wang<br></div>