<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear Gromacs users</DIV>
<DIV>I ahve a dppc monolayer on water layer 9tip4p-2005). I have added 8 Mg and 16 Cl ions using genion and now want to use grompp and then start the simulation to see the effect of ions on the pressure-area isotherm of the system.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>running grompp in gromacs 3.3 I see he following error:</DIV>
<DIV>please help em to solve it.let me knoe please what is cpp?</DIV>
<DIV>Thanks in advance</DIV>
<DIV>D. Aghaie</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>-bash-3.2$ <FONT color=#c00000>grompp_mpi -c dppc-salt-Mg-0.1.gro -f run.mdp -n indexsalt-Mg.ndx -p topoldppc.top -o topol.tpr -np 8<BR></FONT>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT color=#00007f>:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Groningen Machine for Chemical Simulation</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><BR><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out </FONT><A href="http://www.gromacs.org"><FONT color=#00007f>http://www.gromacs.org</FONT></A><FONT color=#00007f> for more information.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp_mpi&nbsp; (-:</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<BR>&nbsp; -c dppc-salt-Mg-0.1.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpb tpa xml<BR>&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb
 tpa<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<BR>&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<BR>&nbsp; -n indexsalt-Mg.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<BR>-deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<BR>&nbsp; -p&nbsp; topoldppc.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<BR>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input: tpr
 tpb tpa xml<BR>&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<BR>&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr ene</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Take frame at or first after this time.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; Generate statusfile for # nodes<BR>-[no]shuffle&nbsp;&nbsp;
 bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle molecules over nodes<BR>&nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules according to X coordinate<BR>-[no]rmvsbds&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of each node on a<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure to use quotes
 around<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should contain a number for<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Number of warnings after which input processing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<BR>-[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove 1-4 interactions without Van der Waals<BR>&nbsp; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number
 of<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>creating statusfile for 8 nodes...</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<BR>checking input for internal consistency...<BR><FONT color=#407f00>calling cpp...<BR>topoldppc.top:7:20: error: ions.itp: No such file or directory<BR>cpp exit code: 256<BR>Tried to execute: 'cpp&nbsp; -I/apps/gromacs/3.3/share/top&nbsp; topoldppc.top &gt; gromppzVWhWp'<BR>The 'cpp' command is defined in the .mdp file<BR>processing topology...<BR>Generated 1369 of the 2211 non-bonded parameter combinations<BR>Excluding 3 bonded neighbours for DPP 64<BR>turning all bonds into constraints...<BR>Excluding 2 bonded neighbours for SOL 4152<BR>turning all bonds into constraints...<BR>Cleaning up temporary file gromppzVWhWp<BR></FONT>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp_mpi, VERSION 3.3<BR>Source code file: toppush.c, line: 1264</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f><FONT color=#7f003f>Fatal error:<BR>No such moleculetype Mg<BR></FONT>-------------------------------------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#00007f>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day</FONT></DIV></td></tr></table>