Dear gmx users,<br><br>I need to design a starting configuration of a polypeptide with charged side chains sitting in a box of water with Cl- ions within 7 ang of its radius.<br><br>I realize that in such a system like charges will essentially prefer to be as far as possible from each other, but I still need the above stated configuration.<br>
<br>Is there an easy way to specify the distance of the anions to be added  from the peptide ?<br><br>Thanks,<br>SN<br>