<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 4/27/2011 6:21 AM, delara aghaie wrote:
    <blockquote cite="mid:578999.34299.qm@web130106.mail.mud.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">
              <div>Dear Gromacs users</div>
              <div>I ahve a dppc monolayer on water layer 9tip4p-2005).
                I have added 8 Mg and 16 Cl ions using genion and now
                want to use grompp and then start the simulation to see
                the effect of ions on the pressure-area isotherm of the
                system.</div>
              <div>&nbsp;</div>
              <div>running grompp in gromacs 3.3 I see he following
                error:</div>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    Unless you have an important reason of continuity for using GROMACS
    3.3, you will get much better performance from the latest GROMACS
    version.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:578999.34299.qm@web130106.mail.mud.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">
              <div>please help em to solve it.let me knoe please what is
                cpp?</div>
              <div>Thanks in advance</div>
              <div>D. Aghaie</div>
              <div>&nbsp;</div>
              <div>-bash-3.2$ <font color="#c00000">grompp_mpi -c
                  dppc-salt-Mg-0.1.gro -f run.mdp -n indexsalt-Mg.ndx -p
                  topoldppc.top -o topol.tpr -np 8<br>
                </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color="#00007f">:-)&nbsp;
                  G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</font></div>
              <div><font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Groningen
                  Machine for Chemical Simulation</font></div>
              <div><font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
                  :-)&nbsp; VERSION 3.3&nbsp; (-:</font></div>
              <div><br>
                <font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der
                  Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of
                  Groningen, The Netherlands.<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS
                  development team,<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out </font><a
                  moz-do-not-send="true" href="http://www.gromacs.org"><font
                    color="#00007f">http://www.gromacs.org</font></a><font
                  color="#00007f"> for more information.</font></div>
              <div><font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free
                  software; you can redistribute it and/or<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General
                  Public License<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation;
                  either version 2<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any
                  later version.</font></div>
              <div><font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
                  :-)&nbsp; grompp_mpi&nbsp; (-:</font></div>
              <div><font color="#00007f">Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp;
                  Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file
                  with MD parameters<br>
                  &nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file
                  with MD parameters<br>
                  &nbsp; -c dppc-salt-Mg-0.1.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic
                  structure: gro g96 pdb tpr<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpb tpa xml<br>
                  &nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure:
                  gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>
                  &nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure:
                  gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>
                  &nbsp; -n indexsalt-Mg.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<br>
                  -deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>
                  &nbsp; -p&nbsp; topoldppc.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br>
                  &nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br>
                  &nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input:
                  tpr tpb tpa xml<br>
                  &nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision
                  trajectory: trr trj<br>
                  &nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr
                  ene</font></div>
              <div><font color="#00007f">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp;
                  Description<br>
                  ------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit
                  command line options<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Take frame at or first
                  after this time.<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; Generate statusfile for #
                  nodes<br>
                  -[no]shuffle&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle molecules over
                  nodes<br>
                  &nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules according
                  to X coordinate<br>
                  -[no]rmvsbds&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded
                  interactions with virtual<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of
                  each node on a<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure
                  to use quotes around<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should
                  contain a number for<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Number of warnings after
                  which input processing<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<br>
                  -[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove 1-4 interactions
                  without Van der Waals<br>
                  &nbsp; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and
                  minimize number of<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes</font></div>
              <div><font color="#00007f">creating statusfile for 8
                  nodes...</font></div>
              <div><font color="#00007f">Back Off! I just backed up
                  mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<br>
                  checking input for internal consistency...<br>
                  <font color="#407f00">calling cpp...<br>
                    topoldppc.top:7:20: error: ions.itp: No such file or
                    directory<br>
                    cpp exit code: 256<br>
                    Tried to execute: 'cpp&nbsp;
                    -I/apps/gromacs/3.3/share/top&nbsp; topoldppc.top &gt;
                    gromppzVWhWp'<br>
                    The 'cpp' command is defined in the .mdp file<br>
                    processing topology...<br>
                    Generated 1369 of the 2211 non-bonded parameter
                    combinations<br>
                    Excluding 3 bonded neighbours for DPP 64<br>
                    turning all bonds into constraints...<br>
                    Excluding 2 bonded neighbours for SOL 4152<br>
                    turning all bonds into constraints...<br>
                    Cleaning up temporary file gromppzVWhWp<br>
                  </font>-------------------------------------------------------<br>
                  Program grompp_mpi, VERSION 3.3<br>
                  Source code file: toppush.c, line: 1264</font></div>
              <div><font color="#00007f"><font color="#7f003f">Fatal
                    error:<br>
                    No such moleculetype Mg<br>
                  </font>-------------------------------------------------------</font></div>
              <div><font color="#00007f">Thanx for Using GROMACS - Have
                  a Nice Day</font></div>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
  
</body>
</html>