<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
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    <meta content="text/html; charset=x-gbk" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 4/27/2011 11:52 AM, MD wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1607364c.2c12.12f94a82c2d.Coremail.ptf1242@163.com"
      type="cite">Hi Justin,<br>
      <br>
      When i define <br>
      <br>
      <pre>define&nbsp;= &nbsp;FLEXIBLE&nbsp; 
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    This is not of the correct form.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1607364c.2c12.12f94a82c2d.Coremail.ptf1242@163.com"
      type="cite">
      <pre>&nbsp;constraints&nbsp;=&nbsp;none
&nbsp;constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs
</pre>
      <br>
      <br>
      I saw my .log file. <br>
      <br>
      Input Parameters:<br>
      &nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>
      &nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>
      &nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>
      &nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>
      &nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
      &nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>
      &nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>
      &nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
      &nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>
      &nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>
      &nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>
      &nbsp;&nbsp; bPeriodicMols&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; bContinuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>
      &nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>
      &nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>
      &nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>
      &nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp; compress (3x3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05}<br>
      &nbsp;&nbsp; refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>
      &nbsp;&nbsp; posres_com (3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[0]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[1]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[2]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp; posres_comB (3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[0]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[1]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[2]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>
      &nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>
      &nbsp;&nbsp; rtpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.05<br>
      &nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>
      &nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9Input Parameters:<br>
      &nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>
      &nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>
      &nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>
      &nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>
      &nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
      &nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>
      &nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>
      &nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>
      &nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
      &nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>
      &nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>
      &nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>
      &nbsp;&nbsp; bPeriodicMols&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; bContinuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>
      &nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>
      &nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>
      &nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>
      &nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp; compress (3x3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05}<br>
      &nbsp;&nbsp; refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>
      &nbsp;&nbsp; posres_com (3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[0]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[1]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[2]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp; posres_comB (3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[0]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[1]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[2]= 0.00000e+00<br>
      &nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>
      &nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>
      &nbsp;&nbsp; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>
      &nbsp;&nbsp; epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; tabext&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_epsilon_solvent&nbsp;&nbsp; = 80<br>
      &nbsp;&nbsp; nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_obc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_obc_beta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.8<br>
      &nbsp;&nbsp; gb_obc_gamma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.85<br>
      &nbsp;&nbsp; sa_surface_tension&nbsp;&nbsp; = 2.092<br>
      &nbsp;&nbsp; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>
      &nbsp;&nbsp; free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
      &nbsp;&nbsp; init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<br>
      &nbsp;&nbsp; delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 9-3<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_atomtype[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_atomtype[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_density[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_density[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>
      &nbsp;&nbsp; pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
      &nbsp;&nbsp; disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>
      &nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<br>
      &nbsp;&nbsp; disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
      &nbsp;&nbsp; dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>
      &nbsp;&nbsp; orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>
      &nbsp;&nbsp; dihre-fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
      &nbsp;&nbsp; em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>
      &nbsp;&nbsp; em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>
      &nbsp;&nbsp; niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<br>
      &nbsp;&nbsp; fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
      &nbsp;&nbsp; nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>
      &nbsp;&nbsp; ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>
      &nbsp;&nbsp; shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0001<br>
      &nbsp;&nbsp; lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>
      &nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>
      &nbsp;&nbsp; lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      &nbsp;&nbsp; bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993<br>
      &nbsp;&nbsp; cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; deform (3x3):<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>
      &nbsp;&nbsp; userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      grpopts:<br>
      &nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1941<br>
      &nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>
      &nbsp;&nbsp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
      anneal:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No<br>
      ann_npoints:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
      &nbsp;&nbsp; acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
      &nbsp;&nbsp; nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>
      &nbsp;&nbsp; energygrp_flags[&nbsp; 0]: 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-x:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-xt:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-y:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-yt:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-z:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; efield-zt:<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; bQMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>
      &nbsp;&nbsp; QMconstraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; QMMMscheme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      &nbsp;&nbsp; scalefactor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
      qm_opts:<br>
      &nbsp;&nbsp; ngQM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
      Table routines are used for coulomb: FALSE<br>
      Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<br>
      Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.9&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.9&nbsp;&nbsp; LJ: 0.9<br>
      System total charge: 0.000<br>
      <br>
      Enabling SPC water optimization for 216 molecules.<br>
      <br>
      Configuring nonbonded kernels...<br>
      Testing AMD 3DNow support... not present.<br>
      Testing ia32 SSE support... present.<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      However if i <br>
      <pre>define&nbsp;=

constraints&nbsp;=&nbsp;none
constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs

The .log file is similar to the above .log file. So i can not know whether the constraints invoked.
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    I think you haven't looked far enough. Algorithms being used that
    are important enough to have names and literature citations are
    referred to by those in the .log file. Read and learn :-)<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1607364c.2c12.12f94a82c2d.Coremail.ptf1242@163.com"
      type="cite">
      <pre>
Is it only SETTLE&nbsp;algorithm for water models in Gromacs 4.5.3? </pre>
    </blockquote>
    <br>
    Have you looked in the manual?<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1607364c.2c12.12f94a82c2d.Coremail.ptf1242@163.com"
      type="cite">
      <pre>
&gt;
&gt;
&gt;MD&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Hi&nbsp;gromacs&nbsp;experts,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;gromacs&nbsp;4.5.3.&nbsp;my&nbsp;system&nbsp;has&nbsp;only&nbsp;spce&nbsp;water,&nbsp;no&nbsp;other&nbsp;types.
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;In&nbsp;.mdp&nbsp;file,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;the&nbsp;following&nbsp;parameters;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;define&nbsp;=
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;constraints&nbsp;=&nbsp;none
&gt;&gt;&nbsp;constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Can&nbsp;u&nbsp;tell&nbsp;me&nbsp;&nbsp;Is&nbsp;it&nbsp;flexible&nbsp;water&nbsp;or&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;bond,&nbsp;angle&nbsp;fixed&nbsp;using&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;the&nbsp;above&nbsp;setting?
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;
&gt;Look&nbsp;at&nbsp;spce.itp&nbsp;and/or&nbsp;your&nbsp;md.log&nbsp;file.&nbsp;&nbsp;If&nbsp;the&nbsp;#ifdef&nbsp;FLEXIBLE&nbsp;statement&nbsp;is&nbsp;
&gt;not&nbsp;invoked,&nbsp;the&nbsp;SETTLE&nbsp;algorithm&nbsp;is&nbsp;used.
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;equations&nbsp;of&nbsp;potential&nbsp;energy&nbsp;in&nbsp;Gromacs&nbsp;4.5&nbsp;using&nbsp;OPLSAA?
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;
&gt;The&nbsp;components&nbsp;of&nbsp;various&nbsp;functional&nbsp;forms&nbsp;are&nbsp;described&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;manual.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Best&nbsp;regards
&gt;&gt;&nbsp;
</pre>
      <br>
      <br>
      <span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer">
          <hr>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://mail.163.com/html/110414_attachment/att1.htm"
            target="_blank">体验网易邮箱2G超大附件,轻松发优质大电影、大照片,提速3倍!</a>
        </span></span></blockquote>
    <br>
  
</body>
</html>