<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div>Thanks. The molecule was developed as a part of OPLS. The authors used a software called BOSS( developed in Bill Jorgensen's lab) . I guess this softwares have way to perform rigid body motion. There are other softwares like DL-POLY which can perform rigid body MD. So, I guess, in those cases, just declaring a molecule 'rigid' might be good enough.&nbsp;</div><div>But, gromacs does not explicitly do rigid body MD. That's why I was looking for a trick .</div><div><br></div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:13px"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight:
 bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wed, April 27, 2011 8:25:05 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] rigid tetrahedral molecule<br></font><br>
<br><br>Sanku M wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt;&nbsp; I am interested in simulating a anionic molecule BF4(-)&nbsp; ( Boron tetrafluoride).&nbsp; In the paper which developed the parameters for this molecule, it is mentioned that it has been used as 'rigid' molecule i.e the molecule only has non-bonding interaction but there was no intramolecular motion as the geometry was fixed.<br>&gt;&nbsp; I am trying to simulate this molecule in gromacs treating it as rigid.&nbsp; But, I was looking for best way to 'rigidify' this molecule.<br>&gt; <br>&gt; I was wondering whether using LINCS to constrain all B-F and F-F bonds will be good enough .&nbsp; Or, Should I use virtual sites ? If I really need to use virtual site, will it be something like TIP5P water model ?<br>&gt;&nbsp;  Can someone suggest the best wayout ?<br>&gt; <br><br>Constraints should do the trick, but probably the best approach is to simply contact the authors who developed the model and ask how
 they did it.&nbsp; Then you know you're exactly reproducing what they did.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Sanku<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><span><a target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><span><a target="_blank"
 href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><span>Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br></div></div><div style="position:fixed"></div>


</div></body></html>