<DIV>Hi gromacs experts,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I used gromacs 4.5.3. my system has only spce water, no other types.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>In .mdp file,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I used the following parameters;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>define =</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>constraints = none</DIV>
<DIV>constraint-algorithm = Lincs</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Can u tell me&nbsp; Is it flexible water or all the bond, angle fixed using the above setting? </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>what is the equations of potential energy in Gromacs 4.5 using OPLSAA?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best regards</DIV><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"><hr/>
<a href="http://mail.163.com/html/110414_attachment/att1.htm" target="_blank">体验网易邮箱2G超大附件,轻松发优质大电影、大照片,提速3倍!</a>
</span></span>