Hi Justin,<br><br>When i define <br><br><pre>define&nbsp;= &nbsp;FLEXIBLE&nbsp; <br>&nbsp;constraints&nbsp;=&nbsp;none<br>&nbsp;constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs<br></pre><br><br>I saw my .log file. <br><div></div><br>Input Parameters:<br>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>&nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>&nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>&nbsp;&nbsp; bPeriodicMols&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; bContinuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>&nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>&nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>&nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; compress (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05}<br>&nbsp;&nbsp; refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; posres_com (3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[0]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[1]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[2]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp; posres_comB (3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[0]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[1]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[2]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>&nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>&nbsp;&nbsp; rtpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.05<br>&nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9Input Parameters:<br>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>&nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50<br>&nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>&nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>&nbsp;&nbsp; bPeriodicMols&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; bContinuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>&nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>&nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>&nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 1.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; compress (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 4.50000e-05}<br>&nbsp;&nbsp; refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; posres_com (3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[0]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[1]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[2]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp; posres_comB (3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[0]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[1]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[2]= 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>&nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>&nbsp;&nbsp; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; tabext&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still<br>&nbsp;&nbsp; gb_epsilon_solvent&nbsp;&nbsp; = 80<br>&nbsp;&nbsp; nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>&nbsp;&nbsp; gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; gb_obc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; gb_obc_beta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.8<br>&nbsp;&nbsp; gb_obc_gamma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.85<br>&nbsp;&nbsp; sa_surface_tension&nbsp;&nbsp; = 2.092<br>&nbsp;&nbsp; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>&nbsp;&nbsp; free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&nbsp;&nbsp; init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<br>&nbsp;&nbsp; delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 9-3<br>&nbsp;&nbsp; wall_atomtype[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>&nbsp;&nbsp; wall_atomtype[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>&nbsp;&nbsp; wall_density[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; wall_density[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>&nbsp;&nbsp; pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&nbsp;&nbsp; disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<br>&nbsp;&nbsp; disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; dihre-fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>&nbsp;&nbsp; em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<br>&nbsp;&nbsp; fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>&nbsp;&nbsp; ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>&nbsp;&nbsp; shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0001<br>&nbsp;&nbsp; lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>&nbsp;&nbsp; lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993<br>&nbsp;&nbsp; cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; deform (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>grpopts:<br>&nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1941<br>&nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>&nbsp;&nbsp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>anneal:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No<br>ann_npoints:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp; acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp; nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>&nbsp;&nbsp; energygrp_flags[&nbsp; 0]: 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-x:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-xt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-y:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-yt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-z:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-zt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; bQMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; QMconstraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; QMMMscheme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; scalefactor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>qm_opts:<br>&nbsp;&nbsp; ngQM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>Table routines are used for coulomb: FALSE<br>Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<br>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.9&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.9&nbsp;&nbsp; LJ: 0.9<br>System total charge: 0.000<br><br>Enabling SPC water optimization for 216 molecules.<br><br>Configuring nonbonded kernels...<br>Testing AMD 3DNow support... not present.<br>Testing ia32 SSE support... present.<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>However if i <br><pre>define&nbsp;=<br><br>constraints&nbsp;=&nbsp;none<br>constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs<br><br>The .log file is similar to the above .log file. So i can not know whether the constraints invoked.<br><br><br>Is it only SETTLE&nbsp;algorithm for water models in Gromacs 4.5.3? </pre><pre><br>&gt;
&gt;
&gt;MD&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Hi&nbsp;gromacs&nbsp;experts,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;gromacs&nbsp;4.5.3.&nbsp;my&nbsp;system&nbsp;has&nbsp;only&nbsp;spce&nbsp;water,&nbsp;no&nbsp;other&nbsp;types.
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;In&nbsp;.mdp&nbsp;file,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;the&nbsp;following&nbsp;parameters;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;define&nbsp;=
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;constraints&nbsp;=&nbsp;none
&gt;&gt;&nbsp;constraint-algorithm&nbsp;=&nbsp;Lincs
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Can&nbsp;u&nbsp;tell&nbsp;me&nbsp;&nbsp;Is&nbsp;it&nbsp;flexible&nbsp;water&nbsp;or&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;bond,&nbsp;angle&nbsp;fixed&nbsp;using&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;the&nbsp;above&nbsp;setting?
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;
&gt;Look&nbsp;at&nbsp;spce.itp&nbsp;and/or&nbsp;your&nbsp;md.log&nbsp;file.&nbsp;&nbsp;If&nbsp;the&nbsp;#ifdef&nbsp;FLEXIBLE&nbsp;statement&nbsp;is&nbsp;
&gt;not&nbsp;invoked,&nbsp;the&nbsp;SETTLE&nbsp;algorithm&nbsp;is&nbsp;used.
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;equations&nbsp;of&nbsp;potential&nbsp;energy&nbsp;in&nbsp;Gromacs&nbsp;4.5&nbsp;using&nbsp;OPLSAA?
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;
&gt;The&nbsp;components&nbsp;of&nbsp;various&nbsp;functional&nbsp;forms&nbsp;are&nbsp;described&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;manual.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Best&nbsp;regards
&gt;&gt;&nbsp;
</pre><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"><hr/>
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