Dear gmx-users,<br><br>I wish to order the components of my system with respect to the polypeptide using trjorder.<br><br>I want to select my first group as the protein and the second group to be ordered is non-protein (i.e all other components in the system except polypeptide)<br>
<br><br>the command I am using is:<br><br>trjorder -f shape.gro -s shape.tpr -da 0  -o ordered.gro<br><br>The problem is -na &quot;int&quot; is required, but the rest of my system contains TIP4P water, methanol, Li ions so the na is different for all non-protein components.<br>
<br>Is there a way to override option -na and still get non-protein part of the system ordered with respect to the polypeptide (protein)<br><br><br>Thanks,<br>SN<br>