Hello Users,<br />
<br />
I have a query regarding simulation with the ligand.<br />
<br />
In my protein there are two ligands, one of them (coenzyme) is from the<br />
crystal data, and other I have docked at the active site, while docking<br />
it is showing good interaction with all the active site residues very<br />
well.<br />
I used GROMOS96 43a1 force field, and got the topology file made from<br />
prodrg beta, using GROMOS 96.1 for both the ligands.<br />
while doing equilibration I did, brendenson coupling on like<br />
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br />
Tcoupl = V-rescale<br />
tc-grps = Protein Non-Protein<br />
tau_t = 0.1 0.1<br />
ref_t = 300 300<br />
<br />
and in MD simulation also<br />
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br />
Tcoupl = V-rescale<br />
tc-grps = Protein Non-Protein<br />
tau_t = 0.1 0.1<br />
ref_t = 300 300<br />
<br />
But after 1ns equibiration, one of the ligand (the one which I docked)<br />
is going away from the active site and then I ran it for 4 ns further,<br />
it has gone more far from the cavity. Following is the link to the snapshot of the ligand at different time. <br />
<br />
https://picasaweb.google.com/118389174994698260649/Md_complex?authkey=Gv1sRgCMis2qry3cGj7AE#5600499037480314402<br />
<br />
I want to ask if the change in the<br />
position of ligand is justified with the parameters i have taken or it<br />
if i have done something wrong?<br />
<br />
Thanks and Regards<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>