<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html;

      charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Could someone assist me seeing as i am only a beginner at molecular

    dynamics<br>

    <br>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html;

      charset=ISO-8859-1">

    <big><big>i have generated models using </big></big>modeller

    software and selected the best model based on DOPE GA341 and <br>

    <pre><big><big>Prosa now i have performed energy minimisations using gromacs software.

I further energy refined the structures using gromacs.

The steps were as follows: For in vacuo minimisation

Steepest descent 1000 steps and conjugated gradient of 3000 steps.

Could you perhaps just check the parameter files  (st.mdp and con.mdp) 

and commands (commands) used to ensure the correct procedures and 

selections were made in order to ensure my peace of mind. The command 

files contain outputs

I also performed minimisations using periodic boundary conditions adding 

ions and solvated the system

this also were performed using similar conditions as in the in vacuo 

minimisation.

These files are also attached parameter files (em.mdp and con1.mdp) and 

commands (commands1).

Thank you very much i appreciate any and all advice given by you.

Best Regards

Ruben Cloete

South Africa

</big></big>

</pre>

  </body>

</html>