<br><div class="gmail_quote"><div>Hi Ivan </div>
<div> </div>
<div>If in my system there are some of the other components such <br>SDS surfactant and one of these polarizable models can I use forcefield parameters from PRODRG or not.</div>
<div>If no, would you please tell me about the references that I can find some other components in polarizable water model</div>
<div> force fields.</div>
<div> </div>
<div>Thanks alot for your help </div>
<div> </div>
<div>Regards</div>
<div> </div><font color="#888888">
<div>Saly<br></div></font><div><div></div><div class="h5">
<div class="gmail_quote">On Wed, Apr 27, 2011 at 5:29 PM, <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="padding-left: 1ex; margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);">Send gmx-users mailing list submissions to<br>       <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>       <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>

       <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>       <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>

<br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br><br><br>Today&#39;s Topics:<br><br>  1. Re: polarizable water models (Mark Abraham)<br>  2. Re: polarizable water models (Ivan Gladich)<br>

<br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Wed, 27 Apr 2011 22:39:56 +1000<br>From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>

Subject: Re: [gmx-users] polarizable water models<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DB80E9C.7010301@anu.edu.au" target="_blank">4DB80E9C.7010301@anu.edu.au</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>On 4/27/2011 10:08 PM, saly jackson wrote:<br>&gt; Hi Ivan<br>&gt;<br><br>Please do not reply to whole digests with non-descriptive subject lines.<br>It confuses the archives, and alienates people from finding out the<br>

topic of your interest, and thus being bothered to give you free help.<br>Please leave only the relevant discussion, and use a useful subject line.<br><br>&gt; In which force field can I find the polarizable water models you said<br>

&gt; in section &quot;b&quot; of your reply<br><br>Have you done your own literature searching first? Then you&#39;d already<br>know what force fields they might have been used with...<br><br>Mark<br><br><br><br><br><br>
------------------------------<br>
<br>Message: 2<br>Date: Wed, 27 Apr 2011 15:43:27 +0200<br>From: Ivan Gladich &lt;<a href="mailto:ivan.gladich@marge.uochb.cas.cz" target="_blank">ivan.gladich@marge.uochb.cas.cz</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] polarizable water models<br>

To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DB81D7F.70705@marge.uochb.cas.cz" target="_blank">4DB81D7F.70705@marge.uochb.cas.cz</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br>Skipped content of type multipart/alternative-------------- next part --------------<br>;<br>; Topology file for SW<br>;<br>; Paul van Maaren and David van der Spoel<br>

; Molecular Dynamics Simulations of Water with Novel Shell Model Potentials<br>; J. Phys. Chem. B. 105 (2618-2626), 2001<br>;<br>; Force constants for the shell are given by:<br>;<br>; k = qs^2/(4 pi eps0 alpha)<br>; However, in the current version of the itp file and software (3.2+)<br>

; force constants are computed in mdrun, and the input is the<br>; polarizability in nm^3.<br>;<br>; Some data: mu (water) = 1.8546 D ( 0.0386116 e nm)<br>;            1/(4 pi eps0 alpha) = 94513.94<br>;<br>; Alpha-X = 1.415   kx = 608069<br>

; Alpha-Y = 1.528   ky = 563101<br>; Alpha-Z = 1.468   kz = 586116<br>;<br>; Alpha   = 1.470   k  = 585318<br>;<br>; Bonding parameters from (but without cubic term):<br>; D. M. Ferguson:<br>; Parametrization and Evaluation of a Flexible Water Model<br>

; J. Comp. Chem. 16(4), 501-511 (1995)<br>;<br>; Possible defines that you can put in your topol.top:<br>; -DANISOTROPIC Select anisotropic polarizibility (isotropic is default).<br>; -DRIGID       Rigid model (flexible is default)<br>

; -DPOSRES      Position restrain oxygen atoms<br>;<br><br>[ defaults ]<br>LJ      Geometric<br><br>[ atomtypes ]<br>;name        mass      charge   ptype   c6      c12<br>  WO    15.99940       0.0     A       0.0     0.0<br>

  WH     1.00800       0.0     A       0.0     0.0<br>  WS     0.0           0.0     S       0.0     0.0<br>  WD     0.0           0.0     D       0.0     0.0<br><br>[ nonbond_params ]<br>#ifdef RIGID<br>#ifdef ANISOTROPIC<br>

WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8<br>WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12<br>WS      WH      1       4.0e-5          2.766e-08<br>WO      WO      1       2.0e-3          1.174e-06<br>#else<br>WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8<br>

WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12<br>WS      WH      1       4.0e-5          2.769e-08<br>WO      WO      1       2.0e-3          1.176e-06<br>#endif<br>#else<br>#ifdef ANISOTROPIC<br>WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8<br>

WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12<br>WS      WH      1       4.0e-5          2.910e-08<br>WO      WO      1       2.0e-3          1.189e-06<br>#else<br>WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8<br>WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12<br>

WS      WH      1       4.0e-5          2.937e-08<br>WO      WO      1       2.0e-3          1.187e-06<br>#endif<br>#endif<br><br>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>;; This is a the &#39;classical YAW&#39; model, in which we do have the dummy.<br>

;; The shell is attached to the dummy, in this case the gas-phase<br>;; quadrupole is correct. Water_pol routine can be used for this<br>;; model. This has four interaction sites.<br>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>

[ moleculetype ]<br>; molname       nrexcl<br>SW              2<br><br>[ atoms ]<br>; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge<br>1       WO      1       SM2             OW1             1       1.24588<br>

2       WH      1       SM2             HW2             1       0.62134<br>3       WH      1       SM2             HW3             1       0.62134<br>4       WD      1       SM2             DW              1       0.0<br>

5       WS      1       SM2             SW              1       -2.48856<br><br>#ifdef ANISOTROPIC<br>[ water_polarization ]<br>; See notes above. Alphas in nm^3 (See ref. above)<br>; O H H D S funct  al_x  al_y     al_z          rOH     rHH     rOD<br>

 1 2 3 4 5 1   0.001415 0.001528 0.001468      0.09572 0.15139 0.0137408<br><br>#else<br><br>[ polarization ]<br>; See notes above.      alpha (nm^3)<br>4       5       1       0.00147<br>#endif<br><br>#ifdef RIGID<br>[ settles ]<br>

; i     funct   dOH     dHH<br>1       1       0.09572 0.15139<br><br>#else<br><br>[ bonds ]<br>1       2       1   0.09572     458148.<br>1       3       1   0.09572     458148.<br><br>[ angles ]<br>; i     j       k<br>

2       1       3    1   104.52     417.6<br>#endif<br><br>[ dummies3 ]<br>; The position of the dummies is computed as follows:<br>;<br>;               O<br>;<br>;               D<br>;<br>;       H               H<br>;<br>

; 2 * b = distance (OD) / [ cos (angle(DOH))    * distance (OH) ]<br>;         0.0137408 nm  / [ cos (104.52 / 2 deg) * 0.09572 nm   ]<br>;         0.01557 nm<br>; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-X1)<br>;<br>; Dummy from                    funct   a               b<br>

4       1       2       3       1       0.117265878     0.117265878<br><br>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1       2       3       4       5<br>2       1       3       4       5<br>3       1       2       4       5<br>

4       1       2       3       5<br>5       1       2       3       4<br><br>#ifdef POSRES<br>; Restrain the oxygen...<br>[ position_restraints ]<br>; iatom type    fx      fy      fz<br>1       1       100     100     100<br>

#endif<br><br>-------------- next part --------------<br>;Ivan Gladich, Prague 26/02/2011<br>; Topology file for SWM4-NDP obtained from<br>;<br>; G. Lamoureux, A. D. MacKerell, Jr., B. Roux et. al.<br>; A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomoleculesbased on classical Drude oscillators<br>

; Chem. Phys. Lett.,418,245-249, 2005<br>;<br><br><br>[ defaults ]<br>;nbfunc (1=LJ,2=Buck)<br>1      2<br><br>[ atomtypes ]<br>;name        mass      charge   ptype   sigma    epsilon<br>  WO    15.99940       0.0     A      0.318395  0.88257296<br>

  WH     1.00800       0.0     A       0.0      0.0<br>  WS     0.0           0.0     S       0.0      0.0<br>  WD     0.0           0.0     D       0.0      0.0<br><br><br>[ moleculetype ]<br>; molname       nrexcl<br>SW              2<br>

<br>[ atoms ]<br>; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge<br>1       WO      1       SM2             OW1             1       1.71636<br>2       WH      1       SM2             HW2             1       0.55733<br>

3       WH      1       SM2             HW3             1       0.55733<br>4       WD      1       SM2             DW              1      -1.11466<br>5       WS      1       SM2             SW              1      -1.71636<br>

<br>[ polarization ]<br>; See notes above.      alpha (nm^3)<br>;The drude particle is attached to the oxygen atom!!!!!<br>1       5       1       0.00097822<br><br><br>[ settles ]<br>; dHH = 0.15139 gives HOH agle equal to 104.52 degree<br>

; i    funct  dOH    dHH<br> 1     1      0.09572       0.15139<br><br>;[ constraints ]<br>; i     funct   doh     dhh<br>;1       2       1       0.09572<br>;1       3       1       0.09572<br>;3       2       1       0.15139<br>

<br>[ virtual_sites3 ]<br>; The position of the dummies is computed as follows:<br>;<br>;               O<br>;<br>;               D<br>;<br>;       H               H<br>; &quot;a&quot; and &quot;b&quot; are wieight<br>;the dummy 4 is in the plane of atom 1 2 3.<br>

;Function 2 means that rd= rO+b(rOH1+arH1H2)/|rOH1+arH1H2|(see manual)<br>;so a=1/2 and b the distance from the oxygen atom<br>; Dummy from                    funct   a               b<br>4       1       2       3       2       0.5      0.024034<br>

<br><br>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1       2       3       4       5<br>2       1       3       4       5<br>3       1       2       4       5<br>4       1       2       3       5<br>5       1       2       3       4<br>

<br><br>[ system ]<br>Ice TIP5P-Ew T300<br><br>[ molecules ]<br>SW        1792<br><br>------------------------------<br><font color="#888888"><br>--<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>

<br>End of gmx-users Digest, Vol 84, Issue 217<br>******************************************<br></font></blockquote></div><br>
</div></div></div><br>