<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 4/30/2011 5:05 AM, Sanku M wrote:
    <blockquote cite="mid:519906.73689.qm@web114210.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>
      <div style="font-family: 'times new roman','new york',times,serif;
        font-size: 12pt;">
        <div>Hi David,</div>
        <div>&nbsp;&nbsp;Actually, I had tried to use vsites to make this molecule
          rigid. I read the manual section 4.7 as well. But,
          unfortunately, for a 5-site tetrahedral geometry I was not
          able to figure out the right vsite type I should use. So, I
          was wondering whether you can provide some input on the
          details of how to use virtual sites for a tetrahedral
          molecule. &nbsp;It would have been helpful.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    David suggested using vsites "as well" as the multiple-constraints
    approach, because the molecule needs to have its degrees of freedom
    artificially increased to compensate for the artificial decrease.<br>
    <br>
    A vsite could only work if there was some way to take four atoms for
    the force calculation, project them into one (say COM), do the MD
    update step on the COM, and project the update back out. I've no
    idea whether that's sound or can be implemented, however.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:519906.73689.qm@web114210.mail.gq1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="font-family: 'times new roman','new york',times,serif;
        font-size: 12pt;">
        <div>Sanku</div>
        <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif;
          font-size: 12pt;"><br>
          <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;
            font-size: 13px;"><font face="Tahoma" size="2">
              <hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b>
              David van der Spoel <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">&lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</a><br>
              <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b>
              Discussion list for GROMACS users
              <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a><br>
              <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Fri,
              April 29, 2011 11:46:01 AM<br>
              <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b>
              Re: [gmx-users] rigid tetrahedral molecule<br>
            </font><br>
            On 2011-04-29 17.55, <a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gyorgy.hantal@fc.up.pt"
              href="mailto:gyorgy.hantal@fc.up.pt">gyorgy.hantal@fc.up.pt</a>
            wrote:<br>
            &gt;<br>
            &gt; Hi Sanku,<br>
            &gt;<br>
            &gt; I've read about your problem just now, I don't know if
            it's already<br>
            &gt; solved but I had the same problem some weeks ago and I
            also had a lot of<br>
            &gt; troubles. But, finally I managed to solve it so maybe
            my experiences can<br>
            &gt; be helpful for you:<br>
            &gt;<br>
            &gt; I think you should use SHAKE instead of LINCS. The
            manual says somewhere<br>
            &gt; that LINCS cannot be used when constraining triangles
            (i.e. angles) but<br>
            &gt; SHAKE works fine. On the other hand, if you use SHAKE
            you must switch<br>
            &gt; from domain decomposition to particle decomposition (if
            you run your<br>
            &gt; simulations parallel) just by using -pd when you type
            mdrun ('domain<br>
            &gt; decomposition = no' in the mdp file is not enough).<br>
            &gt;<br>
            &gt; Then you must add as many constraints as degrees of
            freedom you have, so<br>
            &gt; 9 in your case. In my case it was 15 for the PF6 anion.
            Maybe it'll work<br>
            &gt; with less than 9 but in my case I had to add 15
            contraints. What I did<br>
            &gt; was the following:<br>
            &gt; First I constrained all P-F bonds then I constrained
            fictious F-F bonds<br>
            &gt; that I thought would make the molecule rigid. But it
            wasn't enough. Then<br>
            &gt; I added some more redundant F-F contraints (up to 15 in
            total) in a bit<br>
            &gt; arbitrary way until I found the 'magic combination'.<br>
            &gt; Now my simulations run perfectly.<br>
            &gt;<br>
            Please note that if your rigid molecule has less than 6
            degrees of <br>
            freedom your temperature will be incorrect!<br>
            You can achieve a solution with the right number of d.o.f.
            by using <br>
            vsites as well. How to do this is left as an exercise for
            the reader.<br>
            <br>
            &gt; I hope this helps.<br>
            &gt;<br>
            &gt; best,<br>
            &gt; Gyorgy<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt; Citando Sanku M &lt;<a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:msanku65@yahoo.com"
              href="mailto:msanku65@yahoo.com">msanku65@yahoo.com</a>&gt;:<br>
            &gt;<br>
            &gt;&gt; Thanks. The molecule was developed as a part of
            OPLS. The authors used a<br>
            &gt;&gt; software called BOSS( developed in Bill Jorgensen's
            lab) . I guess this<br>
            &gt;&gt; softwares have way to perform rigid body motion.
            There are other<br>
            &gt;&gt; softwares like<br>
            &gt;&gt; DL-POLY which can perform rigid body MD. So, I
            guess, in those cases,<br>
            &gt;&gt; just<br>
            &gt;&gt; declaring a molecule 'rigid' might be good enough.<br>
            &gt;&gt; But, gromacs does not explicitly do rigid body MD.
            That's why I was<br>
            &gt;&gt; looking for<br>
            &gt;&gt; a trick .<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; ________________________________<br>
            &gt;&gt; From: Justin A. Lemkul &lt;<a
              moz-do-not-send="true" ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu"
              href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
            &gt;&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a
              moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
            &gt;&gt; Sent: Wed, April 27, 2011 8:25:05 PM<br>
            &gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] rigid tetrahedral molecule<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; Sanku M wrote:<br>
            &gt;&gt;&gt; Hi,<br>
            &gt;&gt;&gt; I am interested in simulating a anionic
            molecule BF4(-) ( Boron<br>
            &gt;&gt;&gt; tetrafluoride). In the paper which developed
            the parameters for this<br>
            &gt;&gt;&gt; molecule,<br>
            &gt;&gt;&gt; it is mentioned that it has been used as
            'rigid' molecule i.e the<br>
            &gt;&gt;&gt; molecule only<br>
            &gt;&gt;&gt; has non-bonding interaction but there was no
            intramolecular motion as<br>
            &gt;&gt;&gt; the<br>
            &gt;&gt;&gt; geometry was fixed.<br>
            &gt;&gt;&gt; I am trying to simulate this molecule in
            gromacs treating it as<br>
            &gt;&gt;&gt; rigid. But, I<br>
            &gt;&gt;&gt; was looking for best way to 'rigidify' this
            molecule.<br>
            &gt;&gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;&gt; I was wondering whether using LINCS to
            constrain all B-F and F-F<br>
            &gt;&gt;&gt; bonds will be<br>
            &gt;&gt;&gt; good enough . Or, Should I use virtual sites ?
            If I really need to<br>
            &gt;&gt;&gt; use virtual<br>
            &gt;&gt;&gt; site, will it be something like TIP5P water
            model ?<br>
            &gt;&gt;&gt; Can someone suggest the best wayout ?<br>
            &gt;&gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; Constraints should do the trick, but probably the
            best approach is to<br>
            &gt;&gt; simply<br>
            &gt;&gt; contact the authors who developed the model and ask
            how they did it.<br>
            &gt;&gt; Then you<br>
            &gt;&gt; know you're exactly reproducing what they did.<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; -Justin<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;&gt; Sanku<br>
            &gt;&gt;&gt;<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; -- ========================================<br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; Justin A. Lemkul<br>
            &gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
            &gt;&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
            &gt;&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
            &gt;&gt; Department of Biochemistry<br>
            &gt;&gt; Virginia Tech<br>
            &gt;&gt; Blacksburg, VA<br>
            &gt;&gt; jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true"
              target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540)
            231-9080<br>
            <span>&gt;&gt; <a moz-do-not-send="true" target="_blank"
                href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;&gt; ========================================<br>
            &gt;&gt; -- gmx-users mailing list <a
              moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <span>&gt;&gt; <a moz-do-not-send="true" target="_blank"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br>
            &gt;&gt; Please search the archive at<br>
            <span>&gt;&gt; <a moz-do-not-send="true" target="_blank"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a></span><br>
            &gt;&gt; before posting!<br>
            &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the
            list. Use the www<br>
            &gt;&gt; interface or<br>
            &gt;&gt; send it to <a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            <span>&gt;&gt; Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                target="_blank"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br>
            &gt;&gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            &gt;<br>
            <br>
            <br>
            -- <br>
            David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
            Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
            Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp; +46184714205.<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se"
              href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><span>&nbsp;
              &nbsp; <a moz-do-not-send="true" target="_blank"
                href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a></span><br>
            -- <br>
            gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the <br>
            www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  
</body>
</html>