<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks Justin,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; now i have different problem when i run mdrun_d programme with the following command <br>&nbsp;./mdrun_d -s 1HHO_md.tpr -o 1HHO_md.trr&nbsp; -c 1HHO_md.gro -e md.edr -nt 1<br>i got error as follows<br><span style="font-weight: bold;">Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">relative constraint deviation after LINCS:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">rms 0.348354, max 2.293388 (between atoms 27 and 28)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">bonds that rotated more than 30 degrees:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp;
 previous, current, constraint length</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 30.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp; 0.0966&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp; 89.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp; 0.1611&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp; 38.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.1715&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 89.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1977&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight:
 bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 89.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.3590&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 89.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1375&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 56.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp; 0.1306&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 89.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1781&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Wrote pdb files with
 previous and current coordinates</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">relative constraint deviation after LINCS:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">rms 6.925181, max 29.122365 (between atoms 9 and 10)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">bonds that rotated more than 30 degrees:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 95.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0966&nbsp;&nbsp; 0.1734&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight:
 bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1977&nbsp;&nbsp; 1.6174&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3590&nbsp;&nbsp; 0.1991&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 61.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1422&nbsp;&nbsp; 0.0426&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 91.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1375&nbsp;&nbsp; 0.2554&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;
 89.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1306&nbsp;&nbsp; 0.1306&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 86.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1423&nbsp;&nbsp; 0.2272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1542&nbsp;&nbsp; 4.1927&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 89.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1418&nbsp;&nbsp; 4.2147&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 36.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1545&nbsp;&nbsp;
 0.2135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 89.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1415&nbsp;&nbsp; 4.2171&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 39.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1422&nbsp;&nbsp; 0.1957&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 89.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1781&nbsp;&nbsp; 0.2107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 87.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1404&nbsp;&nbsp; 0.2813&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Wrote pdb files with previous and current coordinates</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Warning: 1-4 interaction between 10 and 14 at distance 4.309 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">These are ignored for the rest of the simulation</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">This usually means your system is exploding,</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">if not, you should increase table-extension in your mdp file</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">or with user tables increase the table size</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Step 2, time 0.004 (ps)&nbsp; LINCS WARNING</span><br style="font-weight:
 bold;"><span style="font-weight: bold;">relative constraint deviation after LINCS:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">rms 1141861312104.288574, max 8387384410969.760742 (between atoms 36 and 37)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">bonds that rotated more than 30 degrees:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 114.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2088 307491611.7030&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp; 41.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1457&nbsp;&nbsp; 0.1972&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight:
 bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; 129.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1536 16995520.2978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; 100.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1544 526802811.8353&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; 115.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1427 1126735523.3763&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; 110.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1546 3296841333.8448&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;
 95.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1427 3867105914.6031&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; 103.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1432 6773859895.7491&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 97.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1419 20921022161.9095&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 89.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.6174 914224900795.8143&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; 105.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1340 772011346.9170&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1340</span><br
 style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 97.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1434 21005542749.8526&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; 103.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1533 4047716956.2246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; 100.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1407 6865225352.3692&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; 108.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530 640798229.9764&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 99.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1401 4174186935.5429&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; 120.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1399 992312479.3422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; 111.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1429 1205532064.0067&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; 121.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1991 412296837.5467&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 78.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1354&nbsp;&nbsp;
 5.1420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1340</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 97.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1457 412296831.0029&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; 106.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1565&nbsp; 14.5779&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 81.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1448&nbsp; 15.7238&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 98.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1614&nbsp;&nbsp; 4.0101&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 88.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1472&nbsp; 15.3081&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 95.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1568&nbsp; 14.5247&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 84.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0426&nbsp; 15.1546&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 90.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2554&nbsp;&nbsp; 3.8535&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 17&nbsp;&nbsp; 89.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1306&nbsp;&nbsp; 4.2160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1191&nbsp; 25.1978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 88.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1553&nbsp;&nbsp; 3.4423&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 97.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1679&nbsp;&nbsp; 2.7244&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 76.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2272&nbsp;
 23.5748&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 170.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.1927&nbsp; 15.3594&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 126.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.2147&nbsp; 26.6521&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 51.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2135&nbsp;&nbsp; 3.3106&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; 165.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.2171&nbsp; 16.1115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span
 style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 76.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1957&nbsp;&nbsp; 7.1674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; 109.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1477 1166436972.1222&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 117.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1602 406664611.1456&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1400</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 135.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2107 406664648.5804&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; 115.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1408 3655729543.2299&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; 106.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1421 6636732910.3252&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; 105.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1409 6209428864.9749&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; 114.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1420 4072911915.0192&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; 112.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1483
 125990964.2723&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 130.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1584 125990986.2569&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 45.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2813 96334844.6580&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 153.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1399 96334840.9361&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1380</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 101.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1999 3861844055.9208&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000</span><br
 style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 99.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2050 4350154899.2293&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 120.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2049 276545143.5239&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2000</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Wrote pdb files with previous and current coordinates</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Segmentation fault</span><br style="font-weight: bold;"><br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">i am using the following .mdp files</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255,
 0);">title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Umbrella pulling simulation </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Run parameters</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">integrator&nbsp; = md</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
 500 ps</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Output parameters</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 10 ps</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000 </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstxtcout&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 1 ps</span><br style="background-color:
 rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstenergy&nbsp;&nbsp; = 500</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Bond parameters</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; continuing from NPT </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Single-range cutoff scheme</span><br
 style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; PME electrostatics parameters</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255,
 0);">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">fourierspacing&nbsp; = 0.12</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5</span><br style="background-color:
 rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Berendsen temperature coupling is on in two groups</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; AL&nbsp;&nbsp;&nbsp; OXY&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; two coupling groups - more accurate</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span
 style="background-color: rgb(255, 255, 0);">ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp; </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Pressure coupling is on</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">;Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">;pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">;tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">;compressibility =
 4.5e-5</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">;ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Generate velocities is off</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Periodic boundary conditions are on in all directions</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Long-range dispersion correction</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span
 style="background-color: rgb(255, 255, 0);">DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">; Pull code</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_geometry&nbsp;&nbsp; = distance</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N Y N</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; define initial COM distance &gt; 0</span><br style="background-color: rgb(255, 255,
 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Fe </span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = O1</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; kJ mol^-1 nm^-2</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">I am
 expecting your reply</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">thanks in advance</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br></td></tr></table>