Where are your LJ parameters? <div><br></div><div>Are you sure that Tsuzuki uses all standard OPLS parameters?</div><div><br></div><div>What density do you get in your simulation?<br><div><br></div><div><br>-- <br>Dr. Vitaly V. Chaban, Department of Chemistry<br>

University of Rochester, Rochester, New York 14627-0216</div><div><br></div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 2, 2011 at 1:59 AM, Prema Awati <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:prema.a@iiserpune.ac.in">prema.a@iiserpune.ac.in</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div> sir,<br>
      I am grateful regarding your reply. The reported density for [bmim][bf4] system is 1.198 g/cm3.I was wondering whether you asked for the topology that I am using for my calculation or the one that Tsuzuki.et.al.(one I am referring) have used. Well, following is the toopology  that I have created for my system.<br>


<br>
<br>
;       File &#39;bmim.top&#39; was generated<br>
;       By user: onbekend (0)<br>
;       On host: onbekend<br>
;       At date: Fri Apr 15 18:03:14 2011<br>
;<br>
;       This is a include topology file<br>
;<br>
;       It was generated using program:<br>
;       Generated by x2top<br>
;<br>
;       Command line was:<br>
;       g_x2top_d -f boxbmim.pdb -o bmim.top<br>
;<br>
;       Force field was read from the standard Gromacs share directory.<br>
;<br>
<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;oplsaa.ff/forcefield.itp&quot;<br>
<br>
[ moleculetype ]<br>
; Name            nrexcl<br>
BIM                 3<br>
<br>
[ atoms ]<br>
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>
     1   opls_557      1    BIM     NA      1       0.24    14.0067   ; qtot 0.24<br>
     2   opls_560      1    BIM     CW      2      -0.16    12.011    ; qtot 0.74<br>
     3   opls_561      1    BIM     CW      3      -0.27    12.011    ; qtot 1.24<br>
     4   opls_557      1    BIM     NA      4       0.32    14.0067   ; qtot 1.48<br>
     5   opls_558      1    BIM     CR      5      -0.22    12.011    ; qtot 1.26<br>
     6   opls_905      1    BIM     C1      6      -0.35    12.011    ; qtot 0.91<br>
     7   opls_908      1    BIM     C1      7      -0.14    12.011    ; qtot 0.77<br>
     8   opls_136      1    BIM     C2      8      -0.12    12.011    ; qtot 0.65<br>
     9   opls_136      1    BIM     CS      9      -0.12    12.011    ; qtot 0.53<br>
    10   opls_135      1    BIM     CT      10     -0.18    12.011    ; qtot 0.35<br>
    11   opls_565      1    BIM     HA      2       0.23     1.008    ; qtot 0.41<br>
    12   opls_564      1    BIM     HA      3       0.27     1.008    ; qtot 0.47<br>
    13   opls_563      1    BIM     HA      5       0.25     1.008    ; qtot 0.53<br>
    14   opls_911      1    BIM     H1      6       0.17     1.008    ; qtot 0.59<br>
    15   opls_911      1    BIM     H1      6       0.17     1.008    ; qtot 0.65<br>
    16   opls_911      1    BIM     H1      6       0.17     1.008    ; qtot 0.71<br>
    17   opls_911      1    BIM     H1      7       0.16     1.008    ; qtot 0.77<br>
    18   opls_911      1    BIM     H1      7       0.16     1.008    ; qtot 0.83<br>
    19   opls_140      1    BIM     HC      8       0.06     1.008    ; qtot 0.89<br>
    20   opls_140      1    BIM     HC      8       0.06     1.008    ; qtot 0.95<br>
    21   opls_140      1    BIM     HC      9       0.06     1.008    ; qtot 1.01<br>
    22   opls_140      1    BIM     HC      9       0.06     1.008    ; qtot 1.07<br>
    23   opls_140      1    BIM     HC      10      0.06     1.008    ; qtot 1.13<br>
    24   opls_140      1    BIM     HC      10      0.06     1.008    ; qtot 1.19<br>
    25   opls_140      1    BIM     HC      10      0.06     1.008    ; qtot 1.25<br>
<br>
[ bonds ]<br>
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>
    1     2     1  0.1372   178656.8<br>
    1     5     1  0.1340   199576.8<br>
    1     6     1  0.1466   141000.8<br>
    2     3     1  0.1375   217568.0<br>
    2    11     1  0.1080   138490.4<br>
    3     4     1  0.1372   178656.8<br>
    3    12     1  0.1080   138490.4<br>
    4     5     1  0.1340   199576.8<br>
    4     7     1  0.1466   141000.8<br>
    5    13     1  0.1080   138490.4<br>
    6    14     1  0.1090   138490.4<br>
    6    15     1  0.1090   138490.4<br>
    6    16     1  0.1090   138490.4<br>
    7     8     1  0.1516   112131.2<br>
    7    17     1  0.1090   138490.4<br>
    7    18     1  0.1090   138490.4<br>
    8     9     1  0.1529   112131.2<br>
    8    19     1  0.1090   138490.4<br>
    8    20     1  0.1090   138490.4<br>
    9    10     1  0.1529   112131.2<br>
    9    21     1  0.1090   138490.4<br>
    9    22     1  0.1090   138490.4<br>
   10    23     1  0.1090   138490.4<br>
   10    24     1  0.1090   138490.4<br>
   10    25     1  0.1090   138490.4<br>
<br>
[ pairs ]<br>
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>
    1     7     1<br>
    1    12     1<br>
    2     7     1<br>
    2    13     1<br>
    2    14     1<br>
    2    15     1<br>
    2    16     1<br>
    3     6     1<br>
    3     8     1<br>
    3    13     1<br>
    3    17     1<br>
    3    18     1<br>
    4     6     1<br>
    4     9     1<br>
    4    11     1<br>
    4    19     1<br>
    4    20     1<br>
    5     8     1<br>
    5    11     1<br>
    5    12     1<br>
    5    14     1<br>
    5    15     1<br>
    5    16     1<br>
    5    17     1<br>
    5    18     1<br>
    6    11     1<br>
    6    13     1<br>
    7    10     1<br>
    7    12     1<br>
    7    13     1<br>
    7    21     1<br>
    7    22     1<br>
    8    23     1<br>
    8    24     1<br>
    8     25    1<br>
    9     17     1<br>
     9    18     1<br>
   10    19     1<br>
   10    20     1<br>
   11    12     1<br>
   17    19     1<br>
   17    20     1<br>
   18    19     1<br>
   18    20     1<br>
   19    21     1<br>
   19    22     1<br>
   20    21     1<br>
   20    22     1<br>
   21    23     1<br>
   21    24     1<br>
   21    25     1<br>
   22    23     1<br>
   22    24     1<br>
   22    25     1<br>
<br>
[ angles ]<br>
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3<br>
    2     1     5     1   109.0    292.88<br>
    2     1     6     1   125.6    292.88<br>
    5     1     6     1   125.6    292.88<br>
    1     2     3     1   107.1    292.88<br>
    1     2    11    1   122.0    146.44<br>
    3     2    11    1   130.9    146.44<br>
    2     3     4     1   107.1    292.88<br>
    2     3    12    1   130.9    146.44<br>
    4     3    12    1   122.0    146.44<br>
    3     4     5     1   109.0    292.88<br>
    3     4     7     1   125.6    292.88<br>
    5     4     7     1   125.6    292.88<br>
    1     5     4     1   107.8    292.88<br>
    1     5    13    1   126.1    146.44<br>
    4     5    13    1   126.1    146.44<br>
    1     6    14    1   107.2    156.61<br>
    1     6    15    1   107.2    156.61<br>
    1     6    16    1   107.2    156.61<br>
   14    6   15     1   111.5    138.07<br>
   14    6   16     1   111.5    138.07<br>
  15     6    16    1   111.5    138.07<br>
    4     7     8     1   110.7    418.40<br>
    4     7    17    1   107.2    156.61<br>
    4     7    18    1   107.2    156.61<br>
    8     7    17    1   113.7    156.61<br>
    8     7    18    1   113.7    156.61<br>
   17     7    18   1   111.5    138.07<br>
    7     8     9      1   111.4    418.40<br>
    7     8    19     1   110.7    156.61<br>
    7     8    20     1   110.7    156.61<br>
    9     8    19     1   110.7    156.61<br>
    9     8    20     1   110.7    156.61<br>
   19     8    20   1   107.8    138.07<br>
    8     9    10    1   112.0    418.40<br>
    8     9    21     1   110.7    156.61<br>
    8     9    22     1   110.7    156.61<br>
   10     9    21    1   110.7    156.61<br>
   10     9    22    1   110.7    156.61<br>
   21     9    22    1   107.8    138.07<br>
    9    10    23    1   110.7    156.61<br>
    9    10    24    1   110.7    156.61<br>
    9    10    25    1   110.7    156.61<br>
   23    10    24   1   107.8    138.07<br>
   23    10    25   1   107.8    138.07<br>
   24    10    25   1   107.8    138.07<br>
[ dihedrals ]<br>
;  ai    aj    ak    al funct   c0    c1      c2        c3          c4         c5<br>
    5     1     2     3     1  0.0  -12.5520  2<br>
    2     1     5     4     1  0.0  -19.4598  2<br>
    2     1     6    14    1  0.0   0.51882  3<br>
    1     2     3     4     1  0.0  -44.9780  2<br>
    2     3     4     5     1  0.0  -12.5520  2<br>
    3     4     5     1     1  0.0  -19.4598  2<br>
    3     4     7     8     1  0.0  -0.09205  1<br>
    4     7     8     9     1  0.0  -10.9788  1<br>
    7     8     9    10    1  0.0   4.44341  1<br>
    8     9    10    23   1  0.0   1.53134  3<br>
#include &quot;topbf4.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
BIM<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound        #mols<br>
BIM                125<br>
TFB                125<br>
                  <br>
<br>
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           <br>

</div></blockquote></div>
</div></div>