<div>It is not clear what is wrong with your system without checking the things throroughly.</div><div><br></div><div>Therefore,</div><div>1) double-chack your topology.</div><div>2) submit longer MD simulation.</div><div>

3) double-check the temperature which is requested in the MDP file.</div><div><br></div><div><br></div><div><br>-- <br>Dr. Vitaly V. Chaban, Department of Chemistry<br>University of Rochester, Rochester, New York 14627-0216</div>

<div><br></div><div><br></div><div><br></div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 3, 2011 at 2:00 AM, Prema Awati <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:prema.a@iiserpune.ac.in">prema.a@iiserpune.ac.in</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>Sir,<br>
<br>
      Thanks for your response !!<br>
<br>
      The LJ parameters are defined in forcefield database so it need not require to be mentioned in topology,I followed gromacs manual.But If its working by adding then please guide me regarding LJ parameters. I used OPLS forcefield to create raw topology and then edited referring Tsuzuki&quot;s.<br>


      <br>
Tsuzuki <a href="http://et.al" target="_blank">et.al</a> used basically Lopes <a href="http://et.al" target="_blank">et.al</a> forcefield which was refined(partial charges,nonbonding parameters ) to reproduce experimental density.<br>


<br>
I obtained 1.0045 g/cm3 density which is poor to do final production run in order to study diffusive dynamics of ionic liquids, so I am looking to get exact density that of Tsuzuki.<br>
<br>
  Thanks.<br>   </div></blockquote></div>