Hi lina,<br><br>As you have given, Is it needed to set LD_LIBRARY_PATH ? I had loaded module for mpi and set LDFLAGS, CPPFLAGS ,at the time of installation.<br><br>My cluster has LSF, I use following command to submit job-<br>
<br>$ <font face="arial">bsub -q &lt;queue_name&gt; -n &lt;no_of_core&gt; mpirun -srun
        /sfs3/home/bharati/gromacs/bin/mdrun -pd  -v -s Ag6A12_equil.tpr
        -o Ag6A12_equil.trr -c Ag6A12_equil.gro -e Ag6A12_equil.edr -g
        Ag6A12_equil.log<br>
        </font><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 3, 2011 at 6:38 PM, lina <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lina.lastname@gmail.com">lina.lastname@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I don&#39;t know the specific cluster you mentioned.<br>
<br>
but when I met such problems, I used to check the .log which usually<br>
gave me very helpful information.<br>
and I used to use some script to submit job,<br>
<br>
I post one as example, please set the proper one according to your cluster.<br>
<br>
more openmpi_parallel.sh<br>
#!/bin/bash<br>
#PBS -N jobname<br>
#PBS -j oe<br>
#PBS -V<br>
<br>
#PBS -l nodes=2:ppn=8<br>
<br>
## pre-processing script<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
NCPUS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`<br>
echo $NCPUS<br>
<br>
# ###########################################<br>
# PATH for Intel Compiler and OpenMPI<br>
# ############################################<br>
export PATH=/opt/intel/composerxe-2011.2.137/bin/intel64:/usr/local/mpi/intel/bi<br>
n:/usr/local/fftw/bin:/usr/local/gromacs/bin:i${PATH}<br>
<br>
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw/lib:/opt/intel/composerxe-2011.2.137/mkl/<br>
lib/intel64:/opt/intel/lib/intel64:/usr/local/mpi/intel/lib:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
<br>
# ################################<br>
# commands to launch OpenMPI jobs<br>
# ################################<br>
/usr/local/mpi/intel/bin/mpirun -np $NCPUS -machinefile $PBS_NODEFILE $PBS_O_WOR<br>
KDIR/$file<br>
<br>
<br>
# #############################<br>
# PATH for GNU Compiler and OpenMPI<br>
# ##############################<br>
# export PATH=/usr/local/mpi/gnu/bin:/usr/local/fftw/bin:/usr/local/gromacs/bin:<br>
${PATH}<br>
# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw/lib:/usr/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
<br>
# ##############################<br>
# Using GNU Compiler and OpenMPI<br>
# ##############################<br>
# /usr/local/mpi/gnu/bin/mpirun -np $NCPUS -machinefile $PBS_NODEFILE $PBS_O_WOR<br>
KDIR/$file<br>
<br>
# #########################################<br>
# Optional LD_LIBRARY_PATH if not using MKL<br>
# #########################################<br>
# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/atlas/lib:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/blacs/lib:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lapack/lib:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/salapack/lib:${LD_LIBRARY_PATH}<br>
<br>
<br>
You are welcome,<br>
<br>
<br>
--<br>
Best Regards,<br>
<br>
lina<br>
<font color="#888888">--<br>
</font><div><div></div><div class="h5">gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharati Singh<br>System Administrator<br>Centre for Computational Materials Science(CCMS)<br>Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research(JNCASR),<br>
Bangalore - 560 064 <br>
India.<br>mob.   : 08970898515<br>Phone : +91 80 2208 2944   + Ext. 26 &amp; 28<br>Fax     : +91 80 2208 2906<br>Email  : <a href="mailto:amit@jncasr.ac.in" target="_blank">bharati_singh@jncasr.ac.in</a><br><br><br><a href="http://www.jncasr.ac.in/ccms" target="_blank">http://www.jncasr.ac.in/ccms</a><br>
<a href="http://www.jncasr.ac.in/" target="_blank">http://www.jncasr.ac.in/</a><br>