Hello Justin,<br><br>Thanks for the reply.<br>gmxcheck on the first trajectory shows:<br><br>-------------------------------------------------------------------------------------------------<br>Checking file protein_3000NS_2.trr<br>
trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Reading frame       0 time 2957280.000   <br># Atoms  57296<br>Reading frame    1400 time 2999280.000   <br><br>Item        #frames Timestep (ps)<br>Step          1425    30<br>
Time          1425    30<br>Lambda        1425    30<br>Coords        1425    30<br>Velocities    1425    30<br>Forces           0<br>Box           1425    30<br>---------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>And on the second trajectory shows:<br><br>---------------------------------------------------------------------------------------------------<br>Checking file B2AR_self_assembly_3500NS.trr<br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>
Reading frame       0 time 3000000.000   <br># Atoms  57296<br>Reading frame   16000 time 3480000.000   <br><br>Item        #frames Timestep (ps)<br>Step         16667    30<br>Time         16667    30<br>Lambda       16667    30<br>
Coords       16667    30<br>Velocities   16667    30<br>Forces           0<br>Box          16667    30<br>---------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>So gmxcheck does not show any warning/error.<br>
Then why I am getting the warning from trjcat. And how to remove it?<br><br>Thanks,<br><br>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 5, 2011 at 7:19 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Hi ALL,<br>
<br>
I am trying to use trjcat -f input files -o output_file to join to very larger trajectories. However I am getting the following error:<br>
<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Continue writing frames from protein_3000NS_2.trr t=2.95728e+06 ps, frame=98576      -&gt;  frame 100000 time 3000000.000 ps     -&gt;  frame  99980 time 2999400.000 ps    WARNING: Frames around t=3000000.000000 ps have a different spacing than the rest,<br>

might be a gap or overlap that couldn&#39;t be corrected automatically.<br>
Reading frame       0 time 3999990.000  lasttime 3e+06<br>
<br>
Continue writing frames from protein_4000NS.trr t=3.99999e+06 ps, frame=100001   -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>
And if I use this resultant output trajectory for further analysis like g_sas, then a portion between around 10 ns and 3000000 ns is simply joined by a straight line.<br>
How to remove this inconsistency from the two trajectories?<br>
Any suggestion is welcome.<br>
</blockquote>
<br></div></div>
What does gmxcheck tell you about each of the individual trajectories (prior to running trjcat)?<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>