<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Hi gromacs
users,</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">I wish to
simulate a system using the Gromos53a6 force field. <span style=""> </span>When I try to run, I get the following errors:
</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 1
[file topol.top, line 194]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 2
[file topol.top, line 195]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 3
[file topol.top, line 198]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 4
[file topol.top, line 200]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 5
[file topol.top, line 201]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 6
[file topol.top, line 202]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">ERROR 7
[file topol.top, line 203]:<span style="">  </span>No default
LJ-14 types</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">I checked
which atom pairs are listed in the topol.top lines 194, 195, 198, 200-203. As far as
I can understand, I haven’t properly given the atom types in the [pairtypes]
section in ffnonbonded.itp, therefore grompp gave me this error. Then, I simply
changed the<span style=""> </span>“gen-pairs=NO”,<span style=""> </span>to <span style=""></span><span style=""></span>“gen-pairs=YES”, and it seemed to work well.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"><span style=""> </span><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">[ defaults ]</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">;
nbfunc<span style="">        </span>comb-rule<span style="">       </span>gen-pairs<span style="">       </span>fudgeLJ fudgeQQ</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"><span style="">    </span>1<span style="">                 
</span>1<span style="">                     </span>yes<span style="">             </span>1.0<span style="">         </span>1.0</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style=""><br></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="">However, I <span style=""> </span>wonder if<span style=""> 
</span>this is OK or not ?  <br></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="">Thank you in advance,</span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;">
<br><span style=""></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="">Deniz<br></span></p><pre><br></pre>