Hi<div><br></div><div>As a test case, I did two simulations one the usual Protein in Water and other with Vsites at COM of each monomer but these Vsites dont interact with anyone else. I was expecting results of these two should match almost exactly, but when I compare the rmsd for Protein there seems to be discrepancy. </div>
<div><br></div><div>I once again checked my Vsites definitions and set up, there doesnt seem to be any error in definition as per my understanding. </div><div><br></div><div>Is there any other reason that may be causing the mismatch? Or I may have done something wrong in the setting up Vsites simulations.</div>
<div><br></div><div>thanks</div><div>sikandar</div>