<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#000000;">Hello dear users,<br><br>I'm having a problem trying to simulate one trimer. I'm using tip4p water and right after I fill the box with water and try to pre-process (grompp) the resulting .gro and .top, I get the following error: <br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.1<br>Source code file: grompp.c, line: 377<br><br>Fatal error:<br>number of coordinates in coordinate file (../box/box_water.gro, 274045)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (../top_water.top, 273029)<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br><span>website at <a target="_blank"
 href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></span><br>-------------------------------------------------------<br><br>Here's the ending of the .top file:<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>Protein_chain_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_chain_H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Protein_chain_L&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66032<br><br>And the beginning of the .gro file shows the number "274045"<br><br>Thanks for your time.<br><br>Ricardo.<br></div></body></html>