<p>Hey :)</p>
<p>Option -center shifts the system, which will show up as a component in the displacement.</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On May 6, 2011 5:39 PM, &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><br><p><font color="#500050">

Tomek Wlodarski wrote:
&gt;
&gt; Dear Justin,
&gt;
&gt; Thanks, sure I will give more details.
&gt;
&gt; This comman...</font></p>
Are all the measurements being done in VMD, or are you using g_dist for any of these?  If you&#39;re using g_dist, then some of the distances may be affected by using your old .tpr file, wherein the protein is perhaps not centered.<br>

<br>
If all of the measurements are being done in VMD, then I can&#39;t comment, but perhaps someone else can.  It might be useful to show how you&#39;re doing these measurements.  If you&#39;re not using g_dist, it would be interesting to see how the results of g_dist and VMD compare, in order to tease out the source of the difference.<br>
<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><p><font color="#500050">

&gt; Best!
&gt;
&gt; tomek
&gt;
&gt; On Fri, May 6, 2011 at 1:15 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:
&gt;&gt;...</font></p></blockquote></p>