Dear All,<br><br>I am using MM/PBSA to calculate protein-ligand binding affinnity using GROMACS. I got stuck at entropy calculation stage, which can be broadly done by two mthods i.e. Normal Mode Analysis and Quasi-Harmonic method.<br>
<br>Can anyone let me know that how minimization using distance based dielectric (r-dielectric) with a prefactor of  4 can be done for normal modes calculation using GROMACS.<br><br>Thanks in advance for any valuable suggeations.<br clear="all">
<br>-- <br>With Regards,<br><br>Rashmi Kumari<br>Research Scholar<br>School of Computational and Integrative Sciences<br>Jawaharlal Nehru University<br>New Delhi- 110067.<br><br>