<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">I got .itp and .pdb files of sulfate ion from PRODRG. I add it as an extra<br>
molecule (in genbox using -ci) my simulation box. I can see it visaully by<br>
VMD in my system. but it is not in topol.top and when I want run my program<br>
I receive the following error:<br>
<br>
&quot;No molecules were defined in the system&quot;<br>
<br>
The name of .itp file, its inclusion in topol.top are the same.<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Show us your &quot;[ system ]&quot; subsection of the topology.</div><div><br></div><div>  </div></div>-- <br>

Dr. Vitaly V. Chaban, Department of Chemistry<br>University of Rochester, Rochester, New York 14627-0216<br>