<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><div>Hello,<br clear="all"></div><div><br>
</div><div>I have performed simulations of protein+ligands (solute) in truncated octahedral unit cell of waters (solvent). I would like to retain the shape of unit cell and have the solute centered in such a way as to be completely surrounded by solvent.  At this point, I cannot achieve this although I have exhausted my knowledge about using the trjconv options. My question is:</div>
<div><br></div><div>1. How can one recenter solvent around solute and at the same time keep the original unit shape?</div><div> </div><div>I used the following command to get this picture:</div><div><br></div><div>trjconv -f run.xtc -s run.tpr -n index-all.ndx -o traj/run-test.xtc -pbc mol -center -ur compact</div>
<div><br></div><div>where for centering the solute was used and the whole system was saved to the output trajectory. </div><div><br></div><div>Thanks,<br>Dimitar<br></div><div><br></div></span><br><br>