<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi everyone!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I was able to generate a pdb file in which the hydrogens for the molecule are already included (that way I avoided using the hdb file for the pdb2gmx). However, when I checked the posre.itp, the some of the restraints were applied to the hydrogens.&nbsp;Is this correct because I am not sure since&nbsp;I what I know is that&nbsp;the restraints should be applied to heavy atoms.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Are the positional restraints needed only for the&nbsp;equalibration step but not for the production runs in normal MD simulations. Thanks.&nbsp;</DIV></td></tr></table>