Hi Justin and other gmx-users,<br><br>I want to make a sphere around a protein (5nm).with Li ions and anions.<br><br>Justin, as you had suggested to use genbox -shell option, I tried using it but i realized that since my protein is a long tube like structure, the shell option generated a cyclinder around the protein.<br>
<br>The solvent around the protein is 1:1 water-methanol (pre-prepared mixture n a gro file)<br><br>If I try to start with a ion and solvate it with my solvent (1:1 water methanol) using -shell option, I do get a sphere but then I am unable to insert the protein in the system.<br>
<br>Is there another feasible route to get to my desired configuration of the system ?<br><br>Thanks in advance<br><br><br>Best,<br>SN<br><br><br><br>