Hi all.<br>I am doing dynamics studies of protein-ligand dynamics.When I am running grompp command error is coming &quot;atomtype SDMSO NOT FOUND&quot; . I checked in drg.itp file <br>[ atoms ]<br>; nr type resnr resid atom cgnr charge mass<br>
1 OM 1 LIG OXT 1 -0.758 15.9994 <br>2 C 1 LIG C 1 0.362 12.0110 <br>3 OM 1 LIG O 1 -0.758 15.9994 <br>4 CH1 1 LIG CA 1 0.154 13.0190 <br>5 NL 1 LIG N 2 0.590 14.0067 <br>6 H 1 LIG H3 2 0.001 1.0080 <br>7 H 1 LIG H4 2 0.002 1.0080 <br>
8 H 1 LIG H1 2 0.002 1.0080 <br>9 CH2 1 LIG CB 2 0.109 14.0270 <br>10 CH2 1 LIG CG 2 0.109 14.0270 <br>11 SDMSO 1 LIG SD 2 0.974 32.0600 <br>now in 11th row SDMSO IS PRESENT.How can I solve this problem?plz help me!!!<br clear="all">
<br>-- <br>
<div> </div>
<div><span style="FONT-SIZE: 24pt; COLOR: rgb(255,102,0); FONT-FAMILY: Wingdings"><img height="106" alt="images[12]" src="cid:image004.jpg@01CBC38D.4DBEB520" width="99"></span></div>
<div> </div>
<div>“Many Smiles Begin Because Of Another Smile . . . .&quot; <br> <br>Regards,<br>Rashi</div><br>