Hi Prof. Mark Abraham<br><br>I recived a tutorial from you that in the tutorial 3th molecule was one and there is not some of the 3th molecules that distributed randomly. <br><br>I will be very thankful if you introduce to me a tutorial about my work.<br>
<br>Thanks alot<br><br>Maria<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 9, 2011 at 11:37 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. regarding creating tabulated potentials (sreelakshmi ramesh)<br>
   2. Re: Re: gmx-users Digest, Vol 85, Issue 61 (Mark Abraham)<br>
   3. regarding nacl simulation in water using tabulated        potentials<br>
      (sreelakshmi ramesh)<br>
   4. Re: RE: gmx-users Digest, Vol 85, Issue 53 (Mark Abraham)<br>
   5. Re: regarding nacl simulation in water using tabulated<br>
      potentials (Mark Abraham)<br>
   6. Re: regarding nacl simulation in water using tabulated<br>
      potentials (sreelakshmi ramesh)<br>
   7. Re: regarding nacl simulation in water using tabulated<br>
      potentials (Mark Abraham)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 9 May 2011 11:12:20 +0530<br>
From: sreelakshmi ramesh &lt;<a href="mailto:sree.lakshmi@research.iiit.ac.in">sree.lakshmi@research.iiit.ac.in</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] regarding creating tabulated potentials<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;BANLkTimhMBkb0Ptt4wKCj_Dx=<a href="mailto:NBXwcQ-Qg@mail.gmail.com">NBXwcQ-Qg@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
dear gmx users,<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/245ab8d2/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/245ab8d2/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 09 May 2011 15:45:41 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: gmx-users Digest, Vol 85, Issue 61<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DC77F85.8010709@anu.edu.au">4DC77F85.8010709@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 9/05/2011 3:40 PM, Maria Hamilton wrote:<br>
&gt; Hi Dallas<br>
<br>
Please do not respond to whole digests - it confuses the archive. Cut<br>
out the relevant part and reply to it. Also, please choose a meaningful<br>
subject line.<br>
<br>
&gt; You said that<br>
&gt; &quot;Easiest way is probably set up the appropriate sized box for molecule<br>
&gt; 2, randomly distributed molecule 3 in appropriate number through it<br>
&gt; (genbox), then solvate that box with molecule 2, then combine that box<br>
&gt; with solvated box containing molecule 1.&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; How can I combine the two different box?Do you know any tutorial for this?<br>
<br>
Yes, the one on &quot;biphasic systems&quot; that I suggested two days ago that<br>
you search for :-)<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 9 May 2011 11:16:59 +0530<br>
From: sreelakshmi ramesh &lt;<a href="mailto:sree.lakshmi@research.iiit.ac.in">sree.lakshmi@research.iiit.ac.in</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] regarding nacl simulation in water using<br>
        tabulated       potentials<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;BANLkTi=<a href="mailto:Upi92tu6DNjXM7oC9xfuk4HJYtw@mail.gmail.com">Upi92tu6DNjXM7oC9xfuk4HJYtw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
dear gmx users,<br>
                        i have to simulate nacl in water...the system is<br>
acubic box with just one na adn one cl ion in tip3p water.i wanted to use a<br>
buckingham potential  for na adn cl interaction and lennard jones for water<br>
-ion intercation.i really dont have any idea on how to do this.any help will<br>
be of great use  for me...<br>
<br>
thanks and regards,<br>
shree<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/c048df19/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/c048df19/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Mon, 09 May 2011 15:47:55 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] RE: gmx-users Digest, Vol 85, Issue 53<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DC7800B.2080202@anu.edu.au">4DC7800B.2080202@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 9/05/2011 9:10 AM, Ryan S Davis (rsdavis1) wrote:<br>
&gt; I am not sure if I replied to this thread correctly, but anyway.<br>
<br>
Please use a relevant subject line.<br>
<br>
&gt; I tried the things you guys suggested, but I still cant get it to work.<br>
&gt; You were right $HOME does have a slash in front but I am not actually using that variable, just used it in the mailing list for convience, sorry.<br>
<br>
Copy and paste of actual terminal sessions is always preferable.<br>
Computers are literal, and troubleshooting things filtered through<br>
people&#39;s heads usually wastes time.<br>
<br>
&gt; I reinstalled the libraries, just to make sure everything went well.<br>
&gt; So, here is what happens when I list out the library tree from my home directory and try to run the test code<br>
&gt;<br>
&gt; $ ls -R /home/rsdavis1/apps/xdrfile/<br>
&gt;<br>
&gt;          /home/rsdavis1/apps/xdrfile/:<br>
&gt;          bin  include  lib<br>
&gt;<br>
&gt;          /home/rsdavis1/apps/xdrfile/bin:<br>
&gt;          trr2xtc<br>
&gt;<br>
&gt;          /home/rsdavis1/apps/xdrfile/include:<br>
&gt;          xdrfile<br>
&gt;<br>
&gt;          /home/rsdavis1/apps/xdrfile/include/xdrfile:<br>
&gt;          xdrfile.h  xdrfile_trr.h  xdrfile_xtc.h<br>
&gt;<br>
&gt;          /home/rsdavis1/apps/xdrfile/lib:<br>
&gt;          libxdrfile.a  <a href="http://libxdrfile.la" target="_blank">libxdrfile.la</a><br>
&gt;<br>
&gt; $<br>
&gt; $<br>
&gt; $ icpc   -I/home/rsdavis1/apps/xdrfile/include/xdrfile/   -L/home/rsdavis1/apps/xdrfile/lib/   test.cpp   -lxdrfile<br>
&gt;<br>
&gt;           /tmp/icpcUuD5jZ.o: In function `main&#39;:<br>
&gt;           test.cpp:(.text+0x33): undefined reference to `read_xtc_natoms(char*, int*)&#39;<br>
&gt; $<br>
<br>
That should work, so long as icpc doesn&#39;t need some weird invocation to<br>
look for non-shared libraries. Try<br>
<br>
/home/rsdavis1/apps/xdrfile/lib/libxdrfile.a<br>
<br>
instead of -lxdrfile<br>
<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Mon, 09 May 2011 15:50:26 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] regarding nacl simulation in water using<br>
        tabulated       potentials<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DC780A2.5010806@anu.edu.au">4DC780A2.5010806@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 9/05/2011 3:46 PM, sreelakshmi ramesh wrote:<br>
&gt; dear gmx users,<br>
&gt;                         i have to simulate nacl in water...the system<br>
&gt; is acubic box with just one na adn one cl ion in tip3p water.i wanted<br>
&gt; to use a  buckingham potential  for na adn cl interaction and lennard<br>
&gt; jones for water -ion intercation.i really dont have any idea on how to<br>
&gt; do this.any help will be of great use  for me...<br>
<br>
Can&#39;t be done simply. You&#39;d have to use non-bonded interaction tables<br>
for the Na-Cl interaction with properly constructed energy groups.<br>
Search the manual and webpage for details.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Mon, 9 May 2011 11:31:20 +0530<br>
From: sreelakshmi ramesh &lt;<a href="mailto:sree.lakshmi@research.iiit.ac.in">sree.lakshmi@research.iiit.ac.in</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] regarding nacl simulation in water using<br>
        tabulated       potentials<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:BANLkTinfz7bGZo_RgTkgVstkD7gsg8fYhw@mail.gmail.com">BANLkTinfz7bGZo_RgTkgVstkD7gsg8fYhw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
i had followed the instructions in themnaual for ninbonded interactions adn<br>
had created two tables one for nacl adn other table for water ion<br>
interations...i wanted some information on how to use these tables for<br>
starting thee simulation<br>
<br>
On Mon, May 9, 2011 at 11:20 AM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;wrote:<br>
<br>
&gt; On 9/05/2011 3:46 PM, sreelakshmi ramesh wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; dear gmx users,<br>
&gt;&gt;                        i have to simulate nacl in water...the system is<br>
&gt;&gt; acubic box with just one na adn one cl ion in tip3p water.i wanted to use a<br>
&gt;&gt;  buckingham potential  for na adn cl interaction and lennard jones for water<br>
&gt;&gt; -ion intercation.i really dont have any idea on how to do this.any help will<br>
&gt;&gt; be of great use  for me...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Can&#39;t be done simply. You&#39;d have to use non-bonded interaction tables for<br>
&gt; the Na-Cl interaction with properly constructed energy groups. Search the<br>
&gt; manual and webpage for details.<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/82807731/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/82807731/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 7<br>
Date: Mon, 09 May 2011 17:07:19 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] regarding nacl simulation in water using<br>
        tabulated       potentials<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DC792A7.70306@anu.edu.au">4DC792A7.70306@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
On 9/05/2011 4:01 PM, sreelakshmi ramesh wrote:<br>
&gt; i had followed the instructions in themnaual for ninbonded<br>
&gt; interactions adn had created two tables one for nacl adn other table<br>
&gt; for water ion interations...<br>
<br>
That&#39;s not &quot;I really don&#39;t  have any idea on how to do this&quot;. Please ask<br>
the question you want answered, or you&#39;re wasting everyone&#39;s time.<br>
<br>
&gt; i wanted some information on how to use these tables for starting thee<br>
&gt; simulation<br>
<br>
Sorry, that&#39;s too general. You might want help with a command line, or<br>
setting up the .mdp, or something else. Please read 6.7 of the manual,<br>
try things, and ask a focused question.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
&gt; On Mon, May 9, 2011 at 11:20 AM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>
&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;     On 9/05/2011 3:46 PM, sreelakshmi ramesh wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;         dear gmx users,<br>
&gt;                                i have to simulate nacl in water...the<br>
&gt;         system is acubic box with just one na adn one cl ion in tip3p<br>
&gt;         water.i wanted to use a  buckingham potential  for na adn cl<br>
&gt;         interaction and lennard jones for water -ion intercation.i<br>
&gt;         really dont have any idea on how to do this.any help will be<br>
&gt;         of great use  for me...<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Can&#39;t be done simply. You&#39;d have to use non-bonded interaction<br>
&gt;     tables for the Na-Cl interaction with properly constructed energy<br>
&gt;     groups. Search the manual and webpage for details.<br>
&gt;<br>
&gt;     Mark<br>
&gt;     --<br>
&gt;     gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;     <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;     Please search the archive at<br>
&gt;     <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;     Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;     interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;     Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/ebdfffc7/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110509/ebdfffc7/attachment.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 85, Issue 65<br>
*****************************************<br>
</font></blockquote></div><br>