<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear justin , Thanks for your valuable previous reply<br><br>Also When i run the pdb2gmx tool&nbsp; i got the following error <br><br>WARNING: atom O1 is missing in residue PO4 147 in the pdb file<br>WARNING: atom O2 is missing in residue PO4 147 in the pdb file<br>WARNING: atom O3 is missing in residue PO4 147 in the pdb file<br>WARNING: atom O4 is missing in residue PO4 147 in the pdb file<br><br>But my X-ray pdb contains only one united atom as follows <br>HETATM 4432&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO4 B 147&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.931 -21.573&nbsp;&nbsp; 3.319&nbsp; 1.00 32.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp; <br>so it shows errror .<br>can i use the -missing topology otherwise<br>&nbsp;Is it better to introduce O atoms in My PDB files ? .if it need How could i introduce new atom or molecule&nbsp; in My PDB
 files<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br></td></tr></table>