<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 10/05/2011 2:31 PM, vidhya sankar wrote:
    <blockquote cite="mid:866452.62149.qm@web95505.mail.in.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">Dear justin , Thanks
              for your valuable previous reply<br>
              <br>
              Also When i run the pdb2gmx tool&nbsp; i got the following
              error <br>
              <br>
              WARNING: atom O1 is missing in residue PO4 147 in the pdb
              file<br>
              WARNING: atom O2 is missing in residue PO4 147 in the pdb
              file<br>
              WARNING: atom O3 is missing in residue PO4 147 in the pdb
              file<br>
              WARNING: atom O4 is missing in residue PO4 147 in the pdb
              file<br>
              <br>
              But my X-ray pdb contains only one united atom as follows
              <br>
              HETATM 4432&nbsp; P&nbsp;&nbsp; PO4 B 147&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.931 -21.573&nbsp;&nbsp; 3.319&nbsp;
              1.00 32.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp; <br>
              so it shows errror .<br>
              can i use the -missing topology otherwise<br>
              &nbsp;Is it better to introduce O atoms in My PDB files ? .if
              it need How could i introduce new atom or molecule&nbsp; in My
              PDB files<br>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    Build in some oxygen atoms. There are some software suggestions on
    the GROMACS webpage. Try searching around. You may need to rename
    the atoms with a text editor afterwards.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>