<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:10pt"><div><span>On </span><font face="Arial" size="2">Thursday, May 12, 2011 at 9:03 AM </font><font face="Arial" size="2">"mircial@sjtu.edu.cn" &lt;mircial@sjtu.edu.cn&gt; wrote:<br></font></div><div>&nbsp;<br>&gt; I am using GROMACS 4 to do MD simulations of protein-ligand complexes.I encountered some<br>&gt; problems when generating the topology file of the ligands. I generate the topology file<br>&gt; of ligands by using topolbuild package. The atom types of GAFF force field are assigned<br>&gt; to the atoms of the ligand. However, when I used grompp command to write the tpr file.<br>&gt; There is an error saying:<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Atomtype c3 not found<br>&gt; For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; It seemed that, the amber ff03 force field in
 gromacs 4 didn't include the atom types of<br>&gt; the GAFF force field.<br>&gt; <br>&gt; Does any one have ever encountered the same problem? What can I do to solve this problem?<br>&gt; <br>&gt; It seemed that the atoms types in GAFF force field (e.g., c3, hx, hc, 
etc. ) can not<br>&gt; be recongnized by the amber ff03 FF implemented in 
gromacs 4.5.3.<br><br>This is absolutely correct.&nbsp; GAFF atom types are not included in other amber force fields.<br>However, for GAFF, the output of topolbuild includes an *nb.itp file that gives the<br>atom types and the LJ parameters for those atom types.&nbsp; I've not tried mixing amber<br>force fields like this, but I believe that if you include this up at the top after including<br>your desired amber force field includes, everytihing should be defined correctly.<br>I seem to recall others doing this already.<br><br>Sincerely,<br><br><br></div><div>-- <br>Bruce D. Ray, Ph.D.<br>Associate Scientist<br>IUPUI<br>Physics Dept.<br>402 N. Blackford St.<br>Indianapolis, IN  46202-3273<br><br></div></div></body></html>