Dear users,<br><br>I have two ligands. I created a special index group that merges the protein, LiGA and LĘGB.<br><br>I have the pr.mdp file as the following:<br>...<br>energygrps      = Protein    LĘGA_LĘGB<br>tc-grps         = Protein_LĘGA_LĘGB    Water_and_ions<br clear="all">
...<br><br>grompp -f pr.mdp -p topol.top -c em.gro -n index.ndx -o pr.tpr<br>Fatal error:<br>Group LĘGA_LĘGB not found in indexfile.<br><br>I get the fatal error since I dont have  a special index group that merges LiGA and LĘGB. should I create two different index file?<br>
<br>Thanks in advance<br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>