<p class="MsoNormal"><a name="OLE_LINK9"></a><a name="12fe74d8ab08ca30_OLE_LINK5"><span style=""><span lang="EN-US">Dear All</span></span></a><span style=""></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">I am
conducting a MD simulation for membrane protein with GMX 4.0.5.
I met lots of LINCS warnings (almost for angle change of <a name="12fe74d8ab08ca30_OLE_LINK1">N-H and C-H bond)</a> when doing
equilibration for the membrane-protein system under NPT condition. I had doing <a name="12fe74d8ab08ca30_OLE_LINK3">energy minimization</a> (emtol = 500) before
the equilibration. To solve the problem, I was trying to turn off the bond
constraints, i.e. constraints = none, and restart 2-ns equilibration. It seemed
that everything is OK after the new equilibration (no bond was broken and the
protein backbone changed structurally slightly). Next I continued 1-ns
equilibration adding the bond constraints again and no LINCS warning happened. </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">Before
conducting my production MD with the files from<a name="12fe74d8ab08ca30_OLE_LINK2"> the above procedure</a>, I am eager to
clarify some confusion for my simulation, that is:</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">1.      
Whether my operations (especially turning off the bond constraints during
equilibration) are accepted theoretically for a good MD simulation? </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">2.      
If not, should I repeat<a name="12fe74d8ab08ca30_OLE_LINK4"> energy
minimization </a>for the system? Be honest, emtol = 500 is where the system can
reach until now with my best try. Maybe I have ignored other applicable EM or
equilibration operations besides the GMX manual? </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">3.      
If yes, what should I do to guarantee the correct foundation of the current
membrane-protein structure, like checking the bond change, or any other means?</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">Thanks
for considering my problems.</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">Best
wishes,</span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><span lang="EN-US">Darcy</span></span></p>

<span style=""></span>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>