<br /><br /><span>On 13/05/11, <b class="name">Ignacio Fernández Galván </b> &lt;jellby@yahoo.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:866867.61288.qm@web33005.mail.mud.yahoo.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi all,<br /><br /><br />I'm trying to extract the nonbonded interaction parameters for a whole system <br />from the text dump generated by gmxdump (-s topol.tpr). I get it the relevant <br />section is something like this:<br /><br />atnr=7<br />ntypes=50<br />functype[0]=LJ_SR, c6= 2.34487536e-03, c12= 4.69342376e-06<br />functype[1]=LJ_SR, c6= 2.94705760e-03, c12= 4.75720708e-06<br />functype[2]=LJ_SR, c6= 5.42534457e-04, c12= 3.83789740e-07<br />...<br /><br /><br />All is fine with that, except that I see nowhere the correspondence between the <br />&quot;functypes&quot; and the nonbonded pairs. In principle, I assume the first n^2 <br />functypes correspond to the interactions between the n atomtypes (7 in this <br />case). But is there a guarantee that the nonbonded parameters are always listed <br />first in the functypes (and, after them, there come the bonded parameters)?</div></blockquote><br />Probably - but the functype encodes the type. To be sure of what's going on you'd have to look at the grompp code that fills this data structure.<br /><br />Mark