<br /><br /><span>On 13/05/11, <b class="name">Asmaa Elsheshiny </b> &lt;pyaaea@leeds.ac.uk&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid: &lt;415005A809955F49AEEAF87A0566BD5C01A80DE22F6F@HERMES8.ds.leeds.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />I tried to solvate an assembly of amyliod peptides (16 peptide), using editconf and genbox respectively as follow,<br />editconf -f rotated.gro  -box  76 6 6 -center 0 0 0  -o rotated-box</div></blockquote><br />Nothing here does any rotation.<br /><br /><blockquote cite="mid: &lt;415005A809955F49AEEAF87A0566BD5C01A80DE22F6F@HERMES8.ds.leeds.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />then,<br />genbox -cs ffamber_tip3p.gro -cp rotated-box -p fragment -o sol<br />when, I tried to visualize the protein using VMD I found the protein outside the box.</div></blockquote><br />Sounds like the combination of your input coordinates, specification of the center and box sizes places the protein outside the box.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid: &lt;415005A809955F49AEEAF87A0566BD5C01A80DE22F6F@HERMES8.ds.leeds.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Attached with this email, the topology and the structure file. So, what do you suggest?<br />Regards,<br />asmaa<br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>