<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">dear Justin , Thank you for immediate valuable reply.<br><br>I have all bonds in my original PDB But after doing Dynamics I have converted .gro file to .pdb by<span style="font-weight: bold;"> trjconv_d </span>tool<br>&nbsp;In thsi pdb file some of the bonds Have been missed between the atoms though i am using <span style="font-weight: bold;">constraints = all-bonds</span> in .mdp files.<br>How to recover those bonds in my final .pdb .At the same time when i measure&nbsp; distance between the atoms which are not connected,  using VMD it shows some distances <br>&nbsp;<br>I am not sure of my final pdb retain the bonds as original .pdb.<br><br></td></tr></table>