Dear Justin<br><br>Thanks greatly for your suggestions. I will try a new series of  EMs and NPT equilibrations to find whether it will be of effect.<br><br>Li<br><br><div class="gmail_quote">2011/5/14 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
li lv wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Justin<br>
<br>
 <br>
Thanks for your reply. Generally I conduct the simulation following the tutorial on your website. The system contains an integrin alpha2b/beta3 transmembrane portion (PDB 2KNC) embedding in a 124-lipids DPPC bilayer and solvated in water. The initial membrane-protein system is built with INFLATEGRO. Here is the topology file of the system (not completed):<br>

<br>
“<br>
<br>
; Include forcefield parameters<br>
<br>
#include &quot;ffG53a6_lipid.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
; Include chain topologies<br>
<br>
#include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
; Include Position restraint file<br>
<br>
#ifdef POSRES<br>
<br>
#include &quot;posre_A.itp&quot;<br>
<br>
#endif<br>
<br>
 <br>
#include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
; Include Position restraint file<br>
<br>
#ifdef POSRES<br>
<br>
#include &quot;posre_B.itp&quot;<br>
<br>
#endif<br>
<br>
 <br>
; Include DPPC chain topology<br>
<br>
#include &quot;dppc.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
; Include water topology<br>
<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
<br>
[ position_restraints ]<br>
<br>
;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>
<br>
   1    1       1000       1000       1000<br>
<br>
#endif<br>
<br>
 <br>
; Include generic topology for ions<br>
<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
 <br>
[ system ]<br>
<br>
; Name<br>
<br>
Protein in water<br>
<br>
 <br>
[ molecules ]<br>
<br>
; Compound        #mols<br>
<br>
Protein_A           1<br>
<br>
Protein_B           1<br>
<br>
DPPC 124<br>
<br>
SOL             17185<br>
<br>
NA+ 2<br>
<br>
”<br>
<br>
 <br>
For the details of energy minimization, here is one of the mdp files for energy minimization:<br>
<br>
“<br>
<br>
define = -DPOSRES<br>
<br>
integrator = cg<br>
<br>
emtol = 500.0      <br>
emstep = 0.01   <br>
nstcgsteep = 100<br>
<br>
nsteps     = 50000 <br>
 <br>
nstlist = 1      <br>
ns_type = grid<br>
<br>
rlist = 1.2             <br>
coulombtype = PME            <br>
rcoulomb = 1.2            <br>
rvdw = 1.2           <br>
pbc = xyz<br>
<br>
 <br>
 <br>
freezegrps = Protein-H<br>
<br>
freezedim = Y Y Y  <br>
”<br>
<br>
As you may notice, I froze the heavy atoms of the protein during the first energy minimization and then in the following the EMs the frozen group was MainChain, C-alpha and none in order. The system finally reached Fmax &lt; 500.<br>

<br>
</blockquote>
<br></div></div>
But do you maintain position restraints?  Restraints during minimization serve little use, and they actually are probably preventing some necessary structural changes from happening.  I&#39;d suspect that&#39;s the reason for your instability - you&#39;re not minimizing as well as your system requires.<br>

<br>
I would also say that there is no point in using both freezegrps and position restraints during equilibration, especially NPT, where freezegrps actually interfere with proper coordinate scaling.  I would suggest you simply use position restraints.<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>