In case you don&#39;t need to impose any restraints you can avoid installing Rosetta by using the YASARA minimization server:<br><br><a href="http://www.yasara.com/minimizationserver.htm">http://www.yasara.com/minimizationserver.htm</a><br>
<br>The YASARA self-parameterized ff ranks very high in the recent CASP experiments, and in my experience it slightly outperforms Rosetta all-atom scoring function.<br><br>Thomas<br><br><br><blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">
Thank you very much to answer me quickly.<br>
I have already utilized SCRWRL4,<br>
It have improve some side chain but other not.<br>
So I thought to improve trough to MD OPLS the rest of structure and<br>
side chain, too.<br>
I now try in this way and then I&#39;ll send you the results if you&#39;re<br>
interested on it.<br>
cheer<br>
marco<br><br><div class="gmail_quote">On 17 May 2011 12:20, Thomas Evangelidis <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tevang3@gmail.com">tevang3@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
A MM ff like OPLS will probably do your job. However CASP experiments show that knowledge-based potentials like the one Rosetta implements, produce more physically realistic results. If you only want to improve the side-chain conformations, I&#39;d suggest to use a program that employs rotamer libraries like SCWRL4.<div>
<div class="h5"><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On 17 May 2011 12:05, marco miele <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:marco.miele75@gmail.com" target="_blank">marco.miele75@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Hi everyone<br>
My question is that I have a receptor protein modeled which have some<br>
problem with side chain angles, I would like to know if is good to<br>
apply OPLS ff in vacuum to improve the side chain in particularly and<br>
structure in general.<br>
what you suggest me.<br>
Cheer marco<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div>-- <br>


        
        
        
        

<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">======================================================================</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">Thomas Evangelidis</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">PhD student</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">Biomedical Research
Foundation, Academy of Athens</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">4 Soranou Ephessiou , 115 27
Athens, Greece<br><br>email: <a href="mailto:tevang@bioacademy.gr" target="_blank">tevang@bioacademy.gr</a></p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT">                 <a href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>website:
<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></p>
<p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>
</p>
<br>
</blockquote></div><br></blockquote>


        
        
        
        









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