<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thank you Dr Justinj,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; To do SMD should i create centre of mass of my reference (protein) and pull group (ligand)? if i&nbsp; need to create ,<br>which tool of gromacs generate to be used .?<br>How to include this center of mass in SMD&nbsp; .mdp files<br><br>Thanks in Advance<br><br></td></tr></table>